Parazitologický ústav SAV, v. v. i.
Názov témy
Analýza repetitívnych sekvencií v genóme parazitov rýb a ich úloha v evolúcii chromozómov.
Program DŠ
Zoológia, denná forma
Rok prijímania
2025
Meno školiteľa/-ky
RNDr. Martina Orosová, PhD.
Kontakt:
Prijímajúca škola
Univerzita Komenského v Bratislave
Stručná anotácia
Väčšina eukaryotických genómov obsahuje vysoký podiel repetitívnych sekvencií, ktoré sú celkovo označované ako repeatom a tvoria významnú časť jadrovej DNA. Môžu zaberať 10 až 80 % genómu. Sú usporiadané bezprostredne za sebou a na chromozómoch sa vyskytujú v malom počte lokusov ako satelitná DNA, alebo sú rozptýlené v rôznych častiach genómu ako tzv. mobilné elementy. Majú dôležitú úlohu v regulácii génovej expresie, v procese chromozómovej segregácie, organizácii jadra a obzvlášť dôležitá je ich úloha v evolúcii a adaptácii druhov. Repetitívne sekvencie sú dôležitým nástrojom používaným pri štúdiu evolúcie a fylogenéze druhov. Téma repetitívnych sekvencií u parazitov rýb je úplne novým odvetím. Dostupné sú iba prvotné, elementárne dáta týkajúce sa typov rodín repetitívnych elementov, či ich podielu v genóme u troch druhov. Dizertačná práca bude zameraná na detailné štúdium chromozómov rybích parazitov. Cieľom bude de novo identifikácia a charakterizácia repetitívnych sekvencií a získanie druhovo špecifických chromozómových markerov. Bude aplikovaný výber bioinformatických metód určených na analýzu opakujúcich sa elementov DNA z celogenómových sekvenačných dát s nízkou hĺbkou pokrytia (low-coverage). Fluorescenčnou in situ hybridizáciou budú následne repetície mapované na chromozómoch a takto bude študovaná ich distribúciu v genóme modelových parazitov. Predpokladáme, že porovnanie jednotlivých repetícií a ich lokalizácií na chromozómoch medzi viac a menej príbuznými druhmi, prinesie originálne informácie ohľadom ich evolúcie a amplifikácie v genóme rybích parazitov. Okrem práce v laboratóriu bude tento výskum zahŕňať aj terénnu prácu, získavanie modelových druhov parazitov z rýb z rôznych vodných ekosystémov na Slovensku, ako aj v zahraničí.