Facebook Instagram Twitter RSS Feed PodBean Back to top on side

Aktuality

Botanický ústav CBRB SAV, v. v. i., významne prispieva k využívaniu moderných DNA postupov v poznávaní biodiverzity a determinácii druhov

Botanický ústav CBRB SAV, v. v. i., významne prispieva k využívaniu moderných DNA postupov v poznávaní biodiverzity a determinácii druhov

14. 12. 2023 | videné 429-krát

Zoológovia z Centra biológie rastlín a biodiverzity SAV, v. v. i., zverejnili v roku 2023 celoeurópsku štúdiu, v ktorej detailne opísali aktuálny stav druhovej diverzity a rozšírenia dvoch významných skupín vodného hmyzu (chrobáky Coleoptera, bzdochy Heteroptera) a následne presne definovali úroveň DNA barkódingových dátvyužívaných pre efektívnu determináciu druhov v medzinárodných referenčných databázach. Štúdia celkovo analyzovala faunistické a barkódingové dáta o viac ako 1500 druhoch.

Spoľahlivé hodnotenie biodiverzity a ekologického stavu ekosystémov vyžaduje kvalitné a aktuálne dáta, a preto záujem o metódy determinácie založené na DNA a masívnom paralelnom sekvenovaní v poslednom období intenzívne rastie. Základom rutinnej molekulárnej identifikácie druhov (DNA metabarcoding) sú kvalitné databázy referenčných DNA barkódov, pokrytie druhov barkódmi je však stále relatívne nízke. Pokrok v tejto oblasti však vyžaduje informácie o tom, kde sú medzery, aké sú veľké a prečo pretrvávajú. Cieľom tejto štúdie bolo na príklade dvoch modelových skupín vodného hmyzu opísať a pochopiť súčasný stav poznatkov týkajúcich sa počtu a rozšírenia druhov a dostupnosti DNA barkódov a ponúknuť riešenia na zlepšenie. Keďže databázy sa postupne vyvíjajú, analýzy realizovali v troch nasledujúcich rokoch (2020 až 2022). Výsledky štúdie potvrdili, že napriek viacerým barkódingovým kampaniam, z európskej fauny oboch študovaných skupín sú DNA barkódy dostupné len približne pre 50 % druhov, najhoršia situácia je v Mediteráne, na Balkáne a v juhovýchodnej Európe. Analýzy za jednotlivé roky ukázali veľmi malý nárast pokrytia druhov (menej ako 1 % u európskych vodných chrobákov), napriek približne 25-percentnému nárastu počtu publikovaných barkódov. Okrem geografických charakteristík, analýzy identifikovali aj rozdiely medzi krajinami a hlavné faktory ovplyvňujúce pokrok v budovaní knižníc referenčných DNA barkódov.

Tím autorov odporučil konkrétne zmeny v prístupe k dopĺňaniu referenčných DNA dát s dôrazom na kvalitu pred kvantitou, výraznejšie zapojenie expertov na taxonómiu a cielené štúdie na nedostatočne preskúmané, no na biodiverzitu bohaté oblasti. Tieto návrhy smerujú k optimalizácii procesu identifikácie druhov prostredníctvom DNA, čo má kľúčový význam pre ďalší výskum v oblasti ekológie sladkovodných spoločenstiev, biomonitoringu, agroekológie či ochrane prírody. Publikácia poskytuje detailnú analýzu a odporúčania, ktoré umožnia zefektívnenie identifikácie druhov na európskej úrovni, predstavujúc dôležitý krok smerom ku komplexnému pochopeniu stavu prírody a účinnej ochrane biodiverzity.

 

Spracovala: Andrea Nozdrovická

Zdroj a foto: Botanický ústav CBRB SAV, v. v. i.

Súvisiace články