Facebook Instagram Twitter RSS Feed Back to top

Informačná stránka organizácie SAV

Projekty

Ústav molekulárnej biológie SAV

Medzinárodné projekty

StruBioMol - Budovanie výukových a výskumných kapacít v štruktúrnej a funkčnej analýze biomolekúl pre potreby biomedicíny a biotechnológií

Building learning and research capacities in the structure and functional analysis of biomolecules for the needs of biomedicine and biotechnology

Doba trvania: 1. 5. 2019 - 30. 4. 2022
Program: INTERREG
Zodpovedný riešiteľ: Ing. Kutejová Eva DrSc.
Anotácia:Biomedicína a biotechnológie predstavujú moderné vedné odbory, ktorých rozvoj prispieva k zlepšeniu zdravotného stavu obyvateľstva a skvalitneniu životného prostredia. Štruktúrna biológia identifikuje podstatu vzniku závažných ochorení a vytvára základňu pre návrh potenciálnych liečiv. Umožňuje tiež vyhľadávať potenciálne škodlivé látky a študovať ich vplyv na životné prostredie. To, čo v našom regióne chýba, je spoločná vzdelávacia a vedecko-výskumná základňa, ktorá by vychovávala odborníkov schopných preniesť moderné poznatky v tejto oblasti do praxe. V rámci predkladaného projektu zriadime v regióne spoločné špičkové vzdelávacie a vedecko-výskumné centrum štruktúrnej biológie vzdelávajúce doktorandov, vedeckých pracovníkov a záujemcov z praxe, tak aby sme vybudovali širokú vedecko-odbornú základňu schopnú priniesť významný pokrok do výskumu aplikácií v biomedicíne a biotechnológiách, čím prispejeme k zlepšeniu kvality života v našom regióne. Pri budovaní centra využijeme skúsenosti oboch partnerov ako aj dobre etablovanú medzinárodnú spoluprácu. Všetky aktivity budeme pripravovať spoločne, prednášky a školiace semináre budú organizované striedavo na oboch pracoviskách tak, aby prilákali čo najširšiu komunitu a podporili vznik vzájomných kontaktov doktorandov a vedeckých pracovníkov vo Viedni a Bratislave s perspektívou ďalšej spolupráce. Jednotlivé ciele projektu zahŕňajú: a) posilnenie dlhodobej a udržateľnej základne pre rozvoj štruktúrnej biológie v regióne, merateľné počtom organizácií využívajúcich zariadenia a školiace pracoviská; b) vzdelávanie VŠ študentov, doktorandov, vedeckých pracovníkov a pracovníkov z praxe, merateľných počtom prednášok a praktických kurzov a počtom účastníkov pripravených aktivít; c) vybudovanie výskumného centra excelentnosti štruktúrnej biológie pre štúdium ľudských ochorení, merateľné počtom zakúpených zariadení a ich užívateľov. Dlhodobým prínosom bude vytvorenie zázemia pre kvalitné vzdelávanie, poskytovanie poradenstva a špičkový výskum v oblasti biomedicíny a biotechnológií, ktorý prispeje k zvýšeniu konkurencieschopnosti regiónu a pritiahne záujem zahraničných odborníkov o spoluprácu a prenos získaných poznatkov do praxe.
Web stránka projektu:http://www.imb.savba.sk/strubiomol

SuWaCer - Trvalo udržateľná regenerácia vody založená na filtrácii keramickými membránami

Sustainable Water Reclamation Based on Ceramic Membrane Filtration

Doba trvania: 1. 4. 2020 - 31. 3. 2023
Program: Bilaterálne - iné
Zodpovedný riešiteľ: Dr. Pangallo Domenico DrSc.
Anotácia:Microplastics are a source of concern since they pose threats to aquatic species as well as human being. They not only contribute to accumulation of plastics in the environment, but due to absorption they can also contribute to spreading of micropollutants to the environment. Studies have shown that wastewater treatment plants are responsible for releasing micropollutants to the environment. Therefore, both detection and removal of microplastics from wastewater treatment plants are of paramount importance. Although the primary treatment process is efficient in removing microplastics of larger size, and microplastic fibers, it doesn’t remove small shaped microplastics. To remove very small shaped microplastic fragments, and to have the highest rate of microplastic removal, membrane technology is the best available technology. Organic membranes can be used for this purpose. Nevertheless, they are damaged easily. Ceramic membranes, on the other hand, have many advantages when compared to organic membranes such as higher abrasion resistance, chemical resistance, ability to be used at a very wide pH range (0 to 14), higher resistance to ozone and chloride, allowing the disinfection of water, and higher thermal resistance. In the light of this information, the aim of this project is to develop a robust durable ceramic membrane which will remove microplastics from secondary treated wastewater. To achieve this aim, tubular ceramic membranes with ultra and nanofiltration layers will be synthesized, and secondary treated wastewater will be treated with these membranes at lab and pilot scale for the removal of microplastics. The cyto-toxicity, genotoxicity and oxidative stress of micro/nanoplastics on human cells will be assessed, previously in vitro and then using the water of the wastewater pilot scale plant. In addition, also the antimicrobial properties of the membrane will be assessed, evaluating the microbial communities’ changes before and after the ceramic membrane treatment.

Národné projekty

CELLDIV - Asymetrické bunkové delenie počas tvorby bakteriálnej endospóry

Asymmetric cell division during bacterial endospore formation

Doba trvania: 1. 7. 2019 - 30. 6. 2023
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Barák Imrich DrSc.
Anotácia:Bacillus subtilis je medzinárodne uznávaný modelový organizmus, ktorého fyziológia, biochémia a genetika sú študované niekoľko desaťročí. Tento organizmus sa intenzívne využíva na štúdium mechanizmov bunkového delenia a hlavne diferenciačného procesu, nazývaného sporulácia. Pri tomto procese vznikajú veľmi rezistentné spóry, ktoré sú schopné prežiť nepriaznivé podmienky a potom vyklíčiť. Táto vlastnosť spór je zároveň hrozbou aj výhodou pre človeka. Dve závažné infekčné ochorenia, botulizmus a tetanus, sú prenášané spórami. Spóry Clostridium difficile sú zodpovedné za nebezpečné a ťažko liečiteľné infekcie spojené s hospitalizáciou v nemocniciach. Zatiaľ čo spóry Bacillus cereus vyvolávajú otravy jedlom a ich eliminácia je významnou výzvou hlavne pre potravinársky priemysel a spóry Bacillus anthracis predstavujú riziko z hľadiska bioterorizmu. Na druhej strane, trvácnosť spór nachádza využitie v nano-biotechnológiách a v probiotikách a ich odolnosť voči teplote a vysychaniu sa stala základom pre ich vývoj ako systémov na výrobu nových ľahko skladovateľných a použiteľných vakcín. Napriek intenzívnemu výskumu sporulácie B. subtilis, stále nie sú objasnené mnohé kľúčové detaily tohto komplexného procesu. Pravdepodobne jedna z najdôležitejších otázok bunkového delenia B. subtilis sa týka mechanizmu, ktorý zabezpečuje správne umiestnenie deliaceho septa; v strede bunky počas vegetatívneho delenia a bližšie k jednému pólu počas sporulácie.Tento projekt plánuje študovať mechanizmy tvorby asymetrického septa a skorých štádií sporulácie u B. subtilis. Ciele práce by mali byť dosiahnuté pomocou širokého spektra moderných metód molekulárnej biológie, biochémie, genetiky, štrukturálnej biológie a najnovších mikroskopických techník.

PreveLynch - Dlhodobý strategický výskum a vývoj zameraný na výskyt Lynchovho syndrómu v populácii SR a možnosti prevencie nádorov spojených s týmto syndrómom

-

Doba trvania: 1. 1. 2020 - 30. 6. 2023
Program: Štrukturálne fondy EÚ Výskum a vývoj
Zodpovedný riešiteľ: Dr. Pangallo Domenico DrSc.
Anotácia:Cieľom projektu je výskum a vývoj v oblasti problematiky dedičných nádorov spôsobených Lynchovým syndrómom a predpokladaného genetického pozadia vyššieho výskytu vybraných typov nádorov v slovenskej populácii. Získané poznatky a ich následná implementácia v podobe špecificky navrhnutého programu skríningu ako aj centrálnej databázy konkrétnych pacientov s Lynchovým syndrómom budú základom pre efektívnejšiu prevenciu a manažment nádorových ochorení asociovaných s Lynchovým syndrómom a taktiež pomôžu pri navrhovaní vhodného skríningového programu pre našu populáciu.

Faktory ovplyvňujúce dynamiku mitochondriálneho nukleoidu

Factors that influence mitochondrial nucleoid dynamics

Doba trvania: 1. 1. 2018 - 31. 12. 2021
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: Ing. Kutejová Eva DrSc.

StainsAway - Farebné škvrny na historických papieroch: biologická a chemická charakterizácia spojená s ich odstraňovaním

Colored stains on historical papers: biological and chemical characterization coupled with removal solutions

Doba trvania: 1. 7. 2020 - 30. 6. 2023
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Bučková Mária PhD.
Anotácia:Farebné škrvrny na historických papierových dokumentoch a knihách predstavujú celosvetový problém. Ide o škvrny mikrobiálneho pôvodu, ktoré sa môžu značne líšiť v rôznych geografických oblastiach v súvislosti s odlišným podnebím a odlišnou diverzitou mikroorganizmov. Je potrebné vypracovať finančne dostupné postupy na odstraňovanie farebných škvŕn z povrchu historických papierových predmetov, ktoré by boli účinné a pritom šetrné. Súčasné vedecké poznatky indikujú, že niektoré enzýmy zo skupiny peroxidáz a lakkáz sú schopné odfarbovať rôzne druhy farbív. Niektoré z týchto enzýmov sú už komerčne dostupné, iné je možné získať z rôznych mikroorganizmov, napr. z bazídiomycét. Uvedené vlastnosti by bolo možné využiť na odstraňovanie pigmentov alebo farbív mikrobiálneho pôvodu. Na tento účel použijeme enzýmy ako aktívnu zložku postupov na odstraňovanie zafarbenia bez poškodenia krehkého a vzácneho papiera historických dokumentov a kníh. V rámci predkladaného projektu budeme, okrem prípravy enzýmových extraktov a ich aplikácie, tiež študovať ďalšie aspekty danej problematiky ako izoláciu mikroorganizmov zodpovedných za tvorbu pigmentov a farbív na papieri, selekciu mikroorganizmov produkujúcich peroxidázy a lakkázy, chemické zloženie farebných škvŕn na autentických papierových predmetoch, vývoj nedeštruktívnych postupov na identifikáciu farbív priamo na historických predmetoch. Získané poznatky a vypracované metódy budú bezprostredne využiteľné v oblasti reštaurátorstva a ochrany kultúrneho dedičstva na Slovensku prostredníctvom Vysokej školy výtvarných umení, ktorá je spoluriešiteľskou organizáciou projektu, a tiež prostredníctvom ďalších inštitúcií ako napr. Slovenského národného archívu a Univerzitnej knižnice v Bratislave. Vypracované metódy budú užitočné aj pre zahraničné pracoviská v oblasti ochrany kultúrneho dedičstva.

FUNPOX - Hybridné, lignolytické a verzatilné hémové peroxidázy z askomycétnych a bazidiomycétnych húb

Hybrid, lignolytic and versatile heme peroxidases from Ascomycetes and Basidiomycetes

Doba trvania: 1. 1. 2018 - 31. 12. 2021
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Zámocký Marcel DrSc.

CTC - Identifikácia a validácia signálnych dráh asociovaných s cirkulujúcimi nádorovými bunkami pri karcinóme prsníka

Identification and validation of signalling pathways associated with circulating tumor cells in breast cancer.

Doba trvania: 1. 7. 2017 - 30. 6. 2021
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: Mgr. Kľučár Ľuboš PhD.
Anotácia:Cirkulujúce nádorové bunky (CTC) sú nezavislým prognostickým faktorom u primárneho ako i metastatického karcinómu prsníka. CTC predstavujú heterogénnu populáciu nádorových buniek a hrajú zásadnú úlohu v metastatickej kaskáde a pri progresií nádoru v procese nazvanom self-seeding. Prítomnosť CTC v periférnej krvi je markerom metastatickej schopnosti tumoru. Identifikácia signálnych dráh spojených s presense CTC v periférnej krvi by mohla pomôcť identifify nových terapeutických cieľov u karcinómu prsníka. Tento projekt je zameraný na identifikáciu biomarkerov a následne signálych dráh v primárnom nádore spojených s rôznymi podskupinami CTC s použitím vysoko výkonných technológií genomiky a bioštatistiky cez translačný výskum zahŕňajúci analýzu biologického materiálu od pacientov a ich následnú prospektívnu validáciu.

Izolácia a pokročilá charakterizácia nových probiotických mikroorganizmov s potenciálom pre uplatnenie v biomedicíne a biotechnológiách

Isolation and advanced characterization of new probiotic microorganisms with potential for use in biomedicine and biotechnology

Doba trvania: 1. 1. 2018 - 31. 12. 2021
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Pevala Vladimír PhD.
Anotácia:Probiotické mikroorganizmy nachádzajú široké uplatnenie v preventívnej a podpornej biomedicíne a v potravinárskych biotechnológiách. Použitie nových probiotických kmeňov v predklinických a klinických experimentoch, ako aj v praxi vyžaduje ich komplexnú a podrobnú analýzu na fenotypovej, biochemickej a molekulárnej úrovni. Predložený návrh projektu je zameraný na izoláciu a charakterizáciu nových probiotických kmeňov z taxónov Bifidobacteria a Lactobacillales, ktoré by mohli mať unikátne vlastnosti a mohli byť využiteľné pre biomedicínsky a biotechnologický sektor. Cieľom projektu je aj vykonanie pokročilého štúdia kmeňa Lactobacillus plantarum LS/07 s preukázanými protizápalovými a protinádorovými účinkami – analýza genómu a sekretovaného proteómu s využitím pokročilých molekulárno-biologických techník. Plánovaná charakterizácia uvedeného kmeňa je nevyhnutná pre posúdenie jeho bezpečnosti pre humánne využitie.

Kombinácia nanočastíc a esenciálnych olejov na zmiernenie biologického poškodenia rôznych typov stavebných materiálov

Combination of nanoparticles and essential oils for mitigating the biodeterioration on various types of building materials

Doba trvania: 1. 1. 2019 - 31. 12. 2021
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Bučková Mária PhD.
Anotácia:Cieľom výskumu je získať nové poznatky ohľadom využitia rôznych kombinácií nanočastíc a superhydrofóbnych častíc s esenciálnymi olejmi aby sa zabránilo biologickému poškodeniu tradičných a moderných stavebných materiálov. Budú sa sledovať antimikrobiálne účinky vybraných esenciálnych olejov s nanočasticami a superhydrofóbnymi časticami na prírodné materály a moderné stavebné materiály akými sú drevo (smrekovec, borovica, atď.), travertín, žula, plasty a keramika za účelom zníženia alebo úplného potlačenia mikrobiologického poškodenia. Nanočastice a superhydrofóbne častice by mali zvýšiť antimikrobiálny efekt esenciálnych olejov vytvorením hydrofóbnej bariéry a tým potlačiť rast mikroorganizmov.

SafeCheese - Mikrobiálne kontaminanty v tradičných slovenských syroch: ich eliminácia vedeckými nástrojmi založenými na kvantitatívnej analýze a matematickom modelovaní

Microbial contaminants in traditional Slovakian cheeses: their elimination by scientific tools based on quantitative analysis and mathematical modelling

Doba trvania: 1. 7. 2020 - 30. 6. 2023
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: Dr. Pangallo Domenico DrSc.
Anotácia:Mikrobiologická bezpečnosť tradičných slovenských syrov (bryndza, oštiepok, parenica, korbáčiky) sa v posledných rokoch zvýšila vďaka úpravám technológie výroby a zlepšeným hygienickým podmienkam. Napriek tomu sú, v prípade tradičného spôsobu výroby z nepasterizovaného ovčieho mlieka, pretrvávajúcou hrozbou enterobaktérie a toxinogénne stafylokoky, ktoré sú permanentne prítomné na pomerne vysokých hladinách vo vstupnej surovine. K týmto mikroorganizmom, ktoré ohrozujú bezpečnosť a kvalitu výrobkov, sa v posledných rokoch pridružili mikroorganizmy schopné dlhodobej perzistencie vo výrobnom prostredí, ako je nebezpečná patogénna baktéria Listeria monocytogenes. Z eukaryotických mikroorganizmov sa kvôli nežiaducemu rastu na povrchu musia všeobecne eliminovať vláknité huby. Vzhľadom na rýchly rast sa v syroch ako indikátorové javia divé kmene Mucor circinelloides a Geotrichum candidum, a to aj napriek ich spoluúčasti pri zrení hrudkových syrov. Cieľom projektu bude charakterizácia rastu a rozmnožovania uvedených mikroorganizmov v médiách, mlieku a syroch v závislosti na podmienkach (teplota, pH, aw), pričom sa použijú postupy prediktívnej mikrobiológie a matematické modelovanie. Súčasťou riešenia bude definovanie podmienok ich redukcie a eliminácie. Získané poznatky budú podkladom pre zvýšenie mikrobiologickej bezpečnosti a kvality tradičných slovenských syrov.

Terafag - Príprava bakteriofágov na terapiu vaginálnych a močových infekcií

Bacteriophage preparations for therapy of vaginal and urinary infection

Doba trvania: 1. 7. 2017 - 30. 6. 2021
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Bukovská Gabriela CSc.
Anotácia:Veľkým problémom zdravotníctva v súčasnosti je stúpajúci výskyt patogénov rezistentných voči antibiotikám. Bakteriofágy ako vírusy zabíjajúce baktérie majú veľký potenciál využitia pri liečbe infekčných ochorení, a to predovšetkým v prípade rezistentných baktérií. Nedostatok poznatkov o fágovej biológii v minulosti však častokrát viedol k neuspokojivým výsledkom v terapii. Preto dôkladný výskum vlastností terapeutických fágov je predpokladom plného využitia ich potenciálu. V rámci predkladaného projektu budeme izolovať a charakterizovať bakteriofágy špecifické voči vybraným bakteriálnym patogénom, ktoré spôsobujú urogenitálne infekcie alebo ktoré potenciálne ohrozujú novorodencov. Pripravíme koktail fágov účinný pri eliminácii modelových patogénov, ktorý otestujeme z hľadiska účinnosti, stability a bezpečnosti.

Génové manipulác - Príprava nových antibiotík a protinádorových látok manipuláciami génov sekundárnych metabolitov a metódami syntetickej biológie

Preparation of new antibiotics and antitumor agents by manipulations of secondary metabolite genes and synthetic biology methods

Doba trvania: 1. 7. 2020 - 30. 6. 2024
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Kormanec Ján DrSc.
Anotácia:Baktérie rodu Streptomyces sú dominantnými producentami sekundárnych metabolitov so širokým spektrom biologických aktivít. Gény pre tieto metabolity sú fyzicky zoskupené v tzv. biosyntetických génových klastroch. Zámerom projektu je príprava a charakterizácia nových antibiotík a protinádorových látok manipuláciami génov sekundárnych metabolitov a metódami syntetickej biológie. Projekt nadväzuje na predchádzajúci projekt APVV, kde sme stanovili genomickú sekvenciu nášho modelového kmeňa S. lavendulae subsp. lavendulae CCM 3239, ako aj jeho transkriptóm v divom type a v mutante pre globálny regulátor sekundárneho metabolizmu. Okrem charakterizovaného klastra pre unikátne antibiotikum auricín sme bioinformaticky identifikovali 30 génových klastrov pre potenciálne nové sekundárne metabolity, ktoré sú silentné pri laboratórnych podmienkach. Cieľom projektu bude aktivácia týchto génových klastrov integráciou silných promótorov pred gény pozitívnych dráhovo-špecifických regulátorov, resp. pred biosyntetické operóny a charaterizácia indukovaných biologicky aktívnych látok. Tieto klastre budú klonované a integrované do genómu heterologického kmeňa S. lividans RedStrep za účelom ich genetickej modifikácie pre tvorbu účinnejších biologicky aktívnych látok. Štruktúra auricínu a organizácia jeho génového klastra naznačila unikátny mechanizmus jeho biosyntézy. Cieľom projektu bude charakterizácia tejto biosyntézy a biologických vlastností pripravených medziproduktov auricínu. V predchádzajúcom projekte sme úspešne zaviedli metodiku syntetickej biológie pre tvorbu nových sekundárnych metabolitov. Cieľom projektu bude využitie tohto prístupu pre charakterizáciu biosyntézy auricínu ako aj pre produkciu nových biologicky aktívnych látok s využitím kombinácie génov auricínu a iných polyketidových antibiotík. Naše výsledky prispejú k poznaniu biosyntézy sekundárnych metabolitov a môžu odhaliť nové biologicky aktívne látky s účinnými terapeutickými vlastnosťami.

PPIS - Regulácia pericelulárnej proteolýzy: od molekulárnych mechanizmov k novým subsetom imunitných buniek a terapeutickým nástrojom

Regulation of Pericellular Proteolysis: From Molecular Mechanisms To Novel Immune Cell Subsets and Therapeutic tools

Doba trvania: 1. 7. 2017 - 30. 6. 2021
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: Mgr. Leksa Vladimír PhD.
Anotácia:Plazminogénový systém patrí medzi hlavné proteolytické systémy e zapriahnutý v mnohých fyziologických procesoch, zvláš v imunitných odpovediach Celkovým cieľom tohto projektu je popísa nové molekulárne mechanizmy kontrolujúce plazminogénovú aktiváciu počas procesov získanej aj vrodenej imunity, konkrétne pri T bunkovej migrácii, aktivácii cytokínov a pri udržiavaní homeostázy prostredníctvom makrofágov rojekt vychádza nielen z našich publikovaných štúdií, ale aj z nedávnych nepublikovaných objavov a sľubných predbežných výsledkov Špecifické ciele projektu nie sú od seba nezávislé, sú navzájom prepojené nielen na úrovni bunkových a molekulárnych mechanizmov, ale aj na úrovni experimentálnych prístupov a metodík Hlavným výstupom projektu bude nielen hlbšie pochopenie molekulárnych mechanizmov plazminogénovej aktivácie a charakterizácia imunitných buniek, ktoré tieto mechanizmy využívajú, konkrétne subpopulácie T buniek a makrofágov, ale aj nové molekulárne nástroje na farmakologickú úpravu nevyváženej plazminogénovej aktivácie, ktorá je asociovaná s mnohými ľudskými ochoreniami, napríklad s chronickými zápalovými či nádorovými ochoreniami Dosiahnuté výsledky projektu budú nepochybne d ležité nielen pre vedcov základného výskumu, ale aj pre lekárov a farmakologické spoločnosti.

Signálne kaskády regulácie sigma faktorov RNA polymerázy pri odozve na stres, bunkovej a fyziologickej diferenciácii u pôdnych baktérií rodu Streptomyces

Signal cascades of regulation of sigma factors of RNA polymerase in response to stress, cell and physiological differentiation in soil bacteria of the genus Streptomyces

Doba trvania: 1. 1. 2020 - 31. 12. 2023
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Kormanec Ján DrSc.
Anotácia:V prirodzenom prostredí sú baktérie vystavené rôznym stresom. Odozva na tieto stresy je sprostredkovaná hlavne „stress-response“ sigma faktormi RNA polymerázy. Genóm Streptomyces coelicolor kóduje unikátne až 9 homológov týchto sigma faktorov a veľké množstvo ich regulátorov (anti-sigma faktorov, anti-anti-sigma faktorov a signálnych PP2C fosfatáz). V predchádzajúcich prácach sme charakterizovali úlohu týchto sigma faktorov, preukázali ich duálnu úlohu v strese a diferenciácii, ako aj ich regulačné prepojenie. Pomocou viacerých prístupov sme dokázali interakcie medzi všetkými sigma faktormi, anti-sigma faktormi a anti-anti-sigma faktormi, ako aj fosforyláciu anti-anti-sigma faktorov s viacerými anti-sigma faktormi, čo naznačuje komplexný spôsob ich regulácie. Cieľom tohto projektu je ďalšia charakterizácia týchto sigma faktorov, ich komplexnej regulácie a mechanizmov ich aktivácie v odozve na špecifický stresový alebo diferenciačný signál prostredníctvom signálnych aktivačných PP2C fosfatáz.

Skladanie septínového komplexu do štruktúr vyššieho poriadku.

Assembly of Septin Complex to Higher Order Structures.

Doba trvania: 1. 1. 2019 - 31. 12. 2022
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Farkašovský Marian CSc.
Anotácia:Septíny sú konzervované guanozín fosfát viažúce proteíny, zapojené do cytokinézy a ďalších dôležitých procesov remodulujúcich membrány. Tieto široko rozšírené proteíny tvoria heterooligomérne komplexy, ktoré polymerizujú do nepolárnych filamentov. Mechanizmus tvorby a lokalizácie štruktúr vyššieho poriadku a regulácia skladania septínového prstenca sú komplikované pre štúdium a preto slabo pochopené. Naším hlavným cieľom je vysvetliť ako proteínové kinázy ako aj sumoylácia septínov vplývajú na reguláciu koordinovaného skladania septínov v rôznych štádiach bunkového cyklu. Budeme študovať fosforyláciu a sumoyláciu GFP značených septínov in vitro pomocou fluorescenčnej mikroskopie pozorovaním tvorby produktov kinázovej reakcie a sumoylácie vo voľnom roztoku a v lipidových dvojvrstvách. Kryoelektrónová mikroskopia sa použije na získanie štruktúrnych detailov. Pozorovaním lokalizácie a štruktúrnych zmien septínového kortexu in vivo podporí naše in vitro zistenia.

Štúdium replikačných proteínov modelových bakteriofágov v systéme bakteriofág – hostiteľ

The study of model bacteriophages’ replication proteins in system bacteriophage - host

Doba trvania: 1. 1. 2018 - 31. 12. 2021
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Bukovská Gabriela CSc.
Anotácia:Bakteriofágy sa vyznačujú unikátnym genómom a individuálnym zastúpením proteínov, najmä replikačných. Naším hlavným cieľom je objasnenie zloženia replizómov korynefága BFK20 a bakteriofága phiBP počas replikácie fágovej DNA v bunke ich hostiteľov Brevibacterium flavum a Paenibacillus polymyxa. Pri riešení projektu sa zameriame na charakterizáciu vybraných fágových a bakteriálnych replikačných proteínov. V rámci projektu sa orientujeme hlavne na štúdium ich bielkovinovej štruktúry, charakterizáciu katalytických domén a dôkaz aktivity fágových replikačných proteínov. Očakávaným výsledkom bude objasnenie replikačného mechanizmu fága BFK20. Výsledky získané pri riešení predkladaného projektu prispejú k rozšíreniu poznatkov o mechanizme replikácie bakteriofágov a prinesú nové informácie o fágových a bakteriálnych replikačných proteínoch.

Štúdium vplyvu mutácií asociovaných so srdcovými arytmiami na štruktúru a funkciu ľudského ryanodínového receptora 2

Study of the effect of cardiac arrhythmia-associated mutations on the structure and function of the human ryanodine receptor 2

Doba trvania: 1. 1. 2020 - 31. 12. 2023
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: Mgr. Bauerová Vladena PhD.
Anotácia:Ľudský ryanodínový receptor 2 (hRyR2) je vápnikový kanál, ktorého hlavnou funkciou je uvoľňovanie vápnikových iónov zo sarkoplazmatického retikula do cytoplazmy, čo je podmienkou pravidelnej srdcovej činnosti. V géne tohto proteínu bolo identifikovaných vyše 300 mutácií, ktoré ovplyvňujú jeho funkciu a súvisia s viacerými ochoreniami srdca (CPVT1, ARVD2, SUO, SCD, SIDS), vrátane jeho zlyhania, čím znižujú nielen kvalitu života, ale v mnohých prípadoch spôsobujú aj smrť jedinca. Väčšina patologických mutácií v RyR2 géne je zoskupená v troch klastroch – N-terminálnom, centrálnom a C-terminálnom. Hlavnou náplňou projektu je štúdium vybraných mutácii asociovaných so srdcovými arytmiami pomocou in vitro a in silico prístupu. Projekt významne prispeje k charakterizácii vybraných mutácií na biochemickej, biofyzikálnej a štrukturálnej úrovni a pomôže porozumieť procesom otvárania/zatvárania kanála vo vyššie uvedených patologických stavoch.

Vplyv včelieho enzýmu glukózooxidáza na antibakteriálne vlastnosti medu a charakterizácia jeho produkcie a aktivity v podhltanových žľazách včely medonosnej (Apis mellifera)

Effect of honeybee glucose oxidase on honey antibacterial properties and characterisation its production and activity in hypopharyngeal glands of honeybee (Apis mellifera)

Doba trvania: 1. 1. 2018 - 31. 12. 2021
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: Ing. Majtán Juraj DrSc.

Vannote - Výskum a vývoj efektívnych procesov prípravy vanilínu a iných prírodných aróm s využitím oxidačného a protektívneho účinku rekombinantnej katalázy a peroxidázy

Research & development of effective processes for the preparation of vanillin and other natural flavors using the oxidative and protective effect of recomtinant catalase and peroxidase

Doba trvania: 1. 8. 2018 - 30. 6. 2022
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Zámocký Marcel DrSc.
Anotácia:Príprava vanilínu za použitia rekombinantnej katalázy-peroxidázy AfKatG.

Využitie imunologických mechanizmov v rôznych subtypoch B-bunkových lymfómov

Harnessing the immunological mechanisms in various subtypes of B cell lymphoma

Doba trvania: 1. 7. 2020 - 30. 6. 2024
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: Mgr. Kľučár Ľuboš PhD.
Anotácia:Malígne B-bunkové lymfómy sú skupina prevažne nevyliečiteľných nádorových ochorení krvi, ktoré postihujú Blymfocyty v lymfatických orgánoch, vrátane lymfatických uzlín, sleziny a kostnej drene. Vznikajú z B-buniek v rôznom štádiu zrenia s rôznymi biologickými vlastnosťami a klinickou agresivitou. Tieto nádorové bunky súťažia o priestor na svoj rast v mikroprostredí nádoru, ovplyvňujú okolité zdravé bunky v kostnej dreni tak, aby sa potlačila imunitná odpoveď pacienta. Cieľom tohto projektu je objasniť imunitné zmeny vyvolané nádorom a vyhodnotiť ich fenotypové rozdiely a funkčnú komplexnosť najmodernejšou technológiou, hmotnostnou cytometriou (CyTOF). Plánujeme študovať imunologické mechanizmy „imunitné kontrolné body“, ktoré môžu byť terapeutickým cieľom v malígnych lymfómoch. Lepšie pochopenie patogenézy B-bunkových malignít povedie k novým terapeutickým stratégiám namiereným proti nádorovým a imunitným bunkám, aby sa úplne odstránil nádor u jednotlivých pacientov.

Vzájomná inerakcia proteáz, šaperónov a kináz v mitochodriách pri strese spôsobenom patologickými stavmi.

Interaction between proteases, chaperones and kinases in stress condition cause by pathological conditions.

Doba trvania: 1. 7. 2020 - 30. 6. 2024
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: Ing. Kutejová Eva DrSc.

IMcheck - Zhodnotenie imunitných kontrolných bodov u B bunkových malignít

Assessing immune-checkpoints in B cell malignancies

Doba trvania: 1. 7. 2017 - 30. 6. 2021
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: Mgr. Kľučár Ľuboš PhD.
Anotácia:Imunotorepia nádorov predstavuje terapeutický prístup, ktorého snahou je vyvolať u pacienta efktívnu tumoršpecifickú adaptívnu imunitnú odpoveď, narozdiel od priameho zásahu nádorových buniek. Avšak nádorové bunky majú schopnosť uniknúť spod imunitného dozoru potlačením imunity prostredníctvom aktivácie špecifických inhibičných signálnych dráh, ktoré označujeme ako imunitné kontrolné body. V poslednej dobe sa dosiahol veľký úspech v terapii nádorových ochorení použitím blokujúcich monoklonových protilátok voči inhibičným molekulám imunitných kontrolných bodov. Hlavným cieľom projektu je štúdium B-bunkových malignít so zameraním na molekuly imunitných kontrolných bodov jednak v klonálnych nádorových bunkách, ako aj imunitných bunkách nádorového mikroprostredia. Taktiež budeme analyzovať blokujúci účinok neutralizačných protilátok proti molekulám imunitných kontrolných bodov, a to samotných, ako aj v kombinácii s cieľom zvýšiť ich účinnosť ako potenciálnej terapie u B-bunkových malignít. Charakterizácia účinku blokátorov inhibičných molekúl imunitných kontrolných bodov, a to buď samostatne alebo v kombinácii, na nádorové bunky v mikroprostredí nádoru nám pomôže lepšie pochopiť genézu B-bunkových lymfómov a poskytne základ pre vývoj nových terapeutických stratégií na báze imunoterapie.

Celkový počet projektov: 23