Informačná stránka organizácie SAV
Projekty
Ústav molekulárnej biológie SAV, v. v. i.
Medzinárodné projekty
BeSafeBeeHoney - BEekeeping products valorization and biomonitoring for the SAFEty of BEEs and HONEY
BEekeeping products valorization and biomonitoring for the SAFEty of BEEs and HONEY (BeSafeBeeHoney)
NETSKINMODELS - European Network for Skin Engineering and Modeling
European Network for Skin Engineering and Modeling
SAGA - Udržateľné archívy a ekologickejšie prístupy
Sustainable Archives and Greener Approaches
| Doba trvania: |
1. 11. 2024 - 30. 9. 2027 |
| Evidenčné číslo: | 101173303 |
| Program: |
European Commision |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Dr. Pangallo Domenico DrSc. |
| Anotácia: | So zbierkovými materiálmi Národného archívu, ktoré slúžia ako živé laboratóriá, budú môcť odborníci SAV predovšetkým posúdiť (kvalitatívne a kvantitatívne) vplyvy na konzerváciu archívov s prihliadnutím na fyzikálne vplyvy (svetlo, teplota, vlhkosť) a biologické činitele (huby, baktérie). a hmyzu) vďaka zberu biologických vzoriek, rôznym meracím a prediktívnym nástrojom s konečným cieľom identifikovať medzery a riziká v zúčastnených archívnych inštitúciách.
Mikrobiologická analýza umožní identifikáciu mikroorganizmov znehodnocujúcich papier, ktoré môžu kontaminovať dokumenty, knihy a tiež okolité prostredie (napríklad vzduch, steny a iné povrchy). |
BASUPO - Výskum peroxygenáz z nehubových, bazálnych hubových a iných hubových druhov pre aplikácie v biotechnológii
Exploring unspecific peroxygenases from non-fungal, basal fungal and other selected fungal species for their application in biotechnology
| Doba trvania: |
1. 1. 2024 - 31. 12. 2025 |
| Evidenčné číslo: | CSIC-SAS-2023-01 |
| Program: |
Mobility |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Zámocký Marcel DrSc. |
Národné projekty
ArtBioClean - Biologické čistenie (biocleaning): mikroorganizmy a ich enzýmy pre efektívne odstraňovanie syntetických polymérov z povrchov objektov kultúrneho dedičstva
Biocleaning: microorganisms and their enzymes for effective removing of synthetic polymers from cultural heritage object surfaces
| Doba trvania: |
1. 7. 2024 - 30. 6. 2027 |
| Evidenčné číslo: | APVV-23-0235 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Bučková Mária PhD. |
| Anotácia: | Zo všetkých procesov pri konzervovaní a reštaurovaní patrí čistenie k najbežnejším a súčasne k najdôležitejším a najcitlivejším procesom. Čistenie má mimo estetických cieľov aj preventívny charakter pri záchrane materiálovej podstaty diela, keďže znečistenie a kontaminanty nielenže ovplyvňujú čitateľnosť, podieľajú sa, alebo priamo indukujú povrchové degradačné procesy, ktoré môžu viesť k nezvratným zmenám pôvodných materiálov umeleckého diela. Biologické čistenie (biocleaning) je proces, ktorý využíva živé bunky (hlavne mikroorganizmy), ktoré sú aplikované na povrch a tak prispievajú k odstráneniu nežiadúcich vrstiev. V tomto zmysle budeme využívať živé mikroorganizmy a ich enzymatickú produkciu, aby sme vyvinuli ekologickú a finančne efektívnu metódu na čistenie povrchov dreva a plátna rôznych typov syntetických polymérov (akryláty a ich kopolyméry, polyvinylacetát, nitrocelulóza a polyamid). Hlavným prínosom projektu sú inovácie v oblasti aplikácie enzýmov (lipáz, esteráz, depolymeráz, amidáz, kutináz, halogenáz, lignin-modifikujúcich a uhľovodíky degradujúcich enzýmov) extrahovaných z mikroorganizmov degradujúcich syntetické polyméry, na objekty kultúrneho dedičtsva. Enzymatické systémy by mali odstrániť syntetické polyméry bez poškodenia citlivých povrchov. V rámci projektu budú študované aj ďalšie vybrané aspekty problematiky, ako napríklad izolácia mikroorganizmov degradujúcich syntetické polyméry, mikrobiálne komunity prítomné na objektoch kultúrneho dedičstva ošetrených syntetickými polymérmi, analýza genómu perspektívnych mikroorganizmov degradujúcich syntetické polyméry, proteomická analýza enzymatických extraktov, chemická analýza látok vznikajúcich pri biodegradácii polymérov. Získané vedomosti a nástroje budú okamžite dostupné slovenským reštaurátorom zapojených do projektu (Vysoká škola výtvarných umení v Bratislave, riešiteľ projektu) a účastníkom z iných umeleckých a kultúrnych inštitúcií. |
Covid-19 a dlhý covid na molekulárnej úrovni - biomarkery, nástroje a ciele pre diagnostiku a terapiu
Covid-19 and long covid at the molecular level - biomarkers, tools and targets for diagnosis and therapy
| Doba trvania: |
1. 9. 2023 - 31. 8. 2027 |
| Evidenčné číslo: | 09I03-03-V02-00047 |
| Program: |
Plán obnovy EÚ |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Leksa Vladimír PhD. |
| Anotácia: | Cieľom projektu je charakterizovať laktoferín ako potenciálne doplnkové liečivo pri akútnom aj chronickom ochorení covid-19. Projekt začal v septembri 2023 nástupom Mgr. Patrika Babulica na doktorandské štúdium. |
AnCatSyn - Dešifrovanie ancestrálnych sekvencií hémových kataláz pre rekonštrukciu ich evolúcie najmä v patogénoch a výber jedinečných kandidátov pre syntetickú biológiu.
Deciphering ancestral sequences of heme catalases for inferring their evolution mainly in emerging pathogens and selecting unique candidates for synthetic biology.
| Doba trvania: |
1. 1. 2022 - 31. 12. 2025 |
| Evidenčné číslo: | VEGA-2-0012-22 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Zámocký Marcel DrSc. |
| Anotácia: | Katalázy rozkladajúce toxický peroxid vodíka na vodu a molekulový kyslík patria medzi veľmi účinné enzýmové antioxidanty. Hlavným cieľom tohto projektu je systematické porovnanie rôznych molekulárnych variantov rozšírených hémových kataláz v patogénnych a nepatogénnych mikroorganizmoch. Početné sekvencie kataláz z molekulových databáz budú analyzované s využitím fylogenomického prístupu zacieleného na regióny kódujúcej DNA a príslušných proteínových sekvencií. Zameriame sa najmä na novo objavené patogény ako Candida auris, ktorej celý genóm bol už osekvenovaný. Táto nebezpečná multirezistentná patogénna kvasinka obsahuje množstvo katalázových a peroxidázových génov. Bude vykonané podrobné porovnanie celého genómu aby sa objavili tie formy kataláz, ktoré sú pre patogenézu relevantné. Skonštruujeme evolučné stromy založené na novoobjavených sekvenciách aby sme odhalili sekvencie predchodcov v dôležitých evolučných vetvách. Po heterológnej expresii syntetických génov bude vyhodnotená enzýmová aktivita kataláz. |
PLASARS - Dvojsečný meč plazminogénového systému: Od udržiavania homeostázy po COVID-19
The double-edged sword of the plasminogen system: From homeostasis maintenance to COVID-19
| Doba trvania: |
1. 8. 2021 - 30. 6. 2025 |
| Evidenčné číslo: | APVV-20-0513 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Leksa Vladimír PhD. |
| Anotácia: | Pandémia COVID-19 v roku 2020 zasiahla celý svet. Okrem vakcín je nutné vyvíjať aj špecifické terapeutiká, ktoré
by zablokovali šírenie SARS-CoV-2. Proteázy, ktoré sú zodpovedné za proteolytickú úpravu (priming) SARS -CoV-
2 a následne za jeho vyššiu virulenciu, predstavujú racionálny terapeutický cieľ pre elimináciu infekcie vírusom
SARS-CoV-2. Selektívne inhibítory týchto proteáz predstavujú zasa potenciálne nástroje na prevenciu a liečbu
COVID-19. Systém aktivácie plazminogénu je dobre známy svojou úlohou pri fibrinolýze a migrácii buniek. Tento
systém však môže byť zneužitý na proteolytickú úpravu vírusu. Plazmín je teda dvojsečný meč. Na jednej strane je
nevyhnutný pre množstvo fyziologických procesov, na druhej strane môže byť zapojený do patog enézy. Hlavným
cieľom tohto projektu je podrobne študovať obe strany plazminogénového systému odrážajúce sa v zdraví aj v
chorobe. Po prvé, projekt sa zameria na odhalenie molekulárnych dráh, ktoré Plg systém zohráva na udržiavanie
homeostázy, konkrétne pri eferocytóze – odstraňovaní apoptotických buniek. Po druhé, cieľom projektu je
poskytnúť nové prirodzené inhibítory na farmakologickú moduláciu infekcie hostiteľských buniek vírusom SARS -
CoV-2 prostredníctvom blokády proteolytickej úpravy vírusu. Návrh projektu vychádza z nášho dlhodobého
kontinuálneho výskumu v oblasti plazminogénového systému a spoľahlivých predbežných údajov. Výsledky
projektu budú veľmi zaujímavé pre vedcov v základnom výskume, ale aj pre lekárov a farmakologické spoločnosti.
Naše ciele sa navzájom dopĺňajú; existuje medzi nimi podstatná integrácia na úrovni základných bunkových a
molekulárnych mechanizmov, podobne ako je tomu medzi zdravím a chorobou. |
FUNPOXHYB - Hybridné hémové peroxidázy húb z pralesa s využitím v environmentálnych biotechnológiách
Fungal Hybrid Heme Peroxidases from Primeval Forest with Application in Environmental Biotechnologies
| Doba trvania: |
1. 7. 2021 - 30. 6. 2025 |
| Evidenčné číslo: | APVV-20-0284 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Zámocký Marcel DrSc. |
| Anotácia: | Hybridné hémové peroxidázy (EC 1.11.1.7) sú novoobjavené špecifické oxidoreduktázy schopné štiepiť reaktívne
peroxidové väzby v anorganických aj organických zlúčeninách za súčasnej oxidácie predovšetkým organických
zlúčenín na radikálové produkty, ktoré môžu následne vstúpiť do polymerizačnej reakcie. Je známych vyše 280
kompletných sekvencií týchto unikátnych enzýmov z celogenómových DNA sekvenovaní, ktoré po preklade do proteínových sekvencií vykazujú vysoký stupeň konzervácie a zatiaľ boli objavené iba v ríši húb. Na základe vysoko
konzervovaných typických sekvenčných čŕt umožňujúcich väzbu hémovej prostetickej skupiny boli zaradené ako
zatiaľ posledná novoobjavená rodina do veľmi rozsiahlej peroxidázovo-katalázovej superrodiny. Tá celkovo
obsahuje už vyše 41000 reprezentantov z prokaryotov aj z eukaryotov. Hybridné peroxidázy predstavujú svojou
katalytickou aktivitou extracelulárne enzýmové antioxidanty so širokým využitím pri potláčaní toxických účinkov
oxidačného stresu. Nedávno bola popísaná ich expresia a funkcia vo fytopatogénnych hubách. V nami
predkladanom projekte sa chceme zamerať na výskum kompletných génových DNA klastrov, odpovedajúcich
mRNA transkriptov ako aj príslušných sekretovaných izozýmov hybridných hémových peroxidáz u nepatogénnych
húb izolovaných zo zachovaných pralesových biotopov Slovenska. Našim cieľom je získať stabilnú heterológnu
expresiu vybraných rekombinantných hybridných peroxidáz s najvyššou možnou katalytickou efektivitou pre túto
rodinu a purifikovať dostatočné množstvá týchto enzýmových antioxidantov aby bolo možné z vyprodukovaných
kryštálov týchto bielkovín určiť ich charakteristickú trojrozmernú štruktúru. To umožní vysvetliť ich reaktivitu ako
vzťah medzi štruktúrou a funkciou v hémovom katalytickom centre. Pre žiadnu hybridnú peroxidázu ešte takáto
kryštálová štruktúra doposiaľ nie je známa, preto jej vyriešenie pre unikátne peroxidázy získané z pralesových
biotopov otvára veľké možnosti budúceho využitia v zelených biotechnológiách. |
Charakterizácia unikátnej biosyntézy a regulácie polyketidového antibiotika auricínu v Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae CCM3239
Characterization of the unique biosynthesis and regulation of the polyketide antibiotic auricin in Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae CCM3239
| Doba trvania: |
1. 1. 2024 - 31. 12. 2027 |
| Evidenčné číslo: | 2/0001/24 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Kormanec Ján DrSc. |
| Anotácia: | Streptomycéty sú charakteristické produkciou antibiotík. V kmeni Streptomyces lavendulae sme našli
biosyntetický génový klaster (BGC) aur1 zodpovedný za produkciu antibiotika auricín. Tento klaster bol
homologický k BGC pre polyketidové angucyklínové antibiotiká, takže auricín by mal patriť medzi angucyklíny.
Auricín sa produkuje v úzkom intervale rastu a jeho produkcia podlieha komplexnej regulácii. Štruktúra auricínu
odhalila jeho unikátne vlastnosti, ktoré ho odlišovali od známych angucyklínov. Obsahuje unikátny spiroketal
pyranonaftochinónový aglykón modifikovaný D-forosamínom. Pred BGC aur1 sa nachádza ďalší BGC aur2
obsahujúci gény podobné pyranonaftochinónovým biosyntetickým génom. Delécia aur2 postihovala produkciu
auricínu, čo naznačuje jeho úlohu v jeho biosyntéze. Toto naznačuje unikátny a zatiaľ nepopísaný mechanizmus
biosyntézy auricínu prostredníctvom dvoch biosyntetických dráh, pre angucyklíny a pyranonaftochinóny. Preto
štúdium tejto biosyntézy bude jedným z cieľov predloženého projektu |
REZTEST - Identification of new treatment options in refractory testicular germ cell tumors
Identification of new treatment options in refractory testicular germ cell tumors
| Doba trvania: |
1. 7. 2021 - 30. 6. 2025 |
| Evidenčné číslo: | APVV-20-0158 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Kľučár Ľuboš PhD. |
| Anotácia: | Nádory semeníkov zo zárodočných buniek (TGCT) sú najčastejším nádorom mladých mužov s rastúcou
incidenciou na Slovensku a predstavujúc svojím klinickým a biologickým charakterom model kurabilnej rakoviny.
Malá časť pacientov, však nedosiahne kompletnú remisiu iniciálnou chemoterapiou na báze cisplatiny. Iba 20–40%
z nich je možné vyliečiť pomocou chemoterapie so štandardnými alebo vysokými dávkami obsahujúcou platinu s autológnou transplantáciou kmeňových buniek. Pacienti, ktorí sa nedokážu vyliečiť po záchrannej liečbe v druhej línií, majú mimoriadne zlú prognózu a dlhodobé prežitie bolo dokumentované u menej ako 5%. U pacientov s refraktérnym TGCT bolo testovaných množstvo nových liečebných režimov, vrátane cielenej a biologickej terapií;
avšak s veľmi obmedzenou účinnosťou. Cieľom tohto projektu je identifikovať nové terapeutické ciele u
chemorefraktérneho ochorenia pomocou vysoko výkonných metód molekulárnej biológie a translačného výskumu a identifikovať nové lieky, ktoré prekonávajú rezistenciu na cisplatinu. |
G4-bac - Implementácia G4 DNA do genetického inžinierstva baktérii.
G-quadruplex DNA for Genetic Engineering in Bacteria
| Doba trvania: |
1. 11. 2023 - 31. 10. 2028 |
| Evidenčné číslo: | IM-2022-62 |
| Program: |
IMPULZ |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Jamroškovič Ján PhD. |
| Anotácia: | Syntetická biológia je interdisciplinárny a rýchlo sa rozvíjajúci odbor, ktorý študuje biologické funkcie prirodzene sa vyskytujúcich javov a aplikuje tieto poznatky v genetickom inžinierstve. Hlavnou úlohou odboru je navrhnúť mikroorganizmy so špecifickými vlastnosťami s cieľom syntetizovať rôzne produkty, zvýšiť udržateľnosť v biohospodárstve a poskytnúť riešenia environmentálnych výziev. Tieto metódy kombinujú kaskády génov, ktoré poskytujú mikroorganizmom nové funkcie. Jednou z hlavných výziev v syntetickej biológii je zlepšenie génovej regulácie v krátkych fragmentoch DNA. Alternatívne štruktúry DNA, ktoré pôsobia ako genetické regulátory, môžu splniť túto potrebu a jedným typom takýchto štruktúr sú štvorvláknové komplexy DNA nazývané G-kvadruplexy (G4).
Hlavným cieľom navrhovaného projektu je implementovať G4 ako nové génové regulátory v baktériách a skombinovať ich s inými regulátormi založenými na DNA. Na dosiahnutie tohto cieľa musíme pochopiť ich biológiu a ich vplyv na základné bunkové procesy, ako je replikácia a transkripcia génov. Mojou stratégiou je použiť Gram-pozitívnu baktériu Bacillus subtilis ako modelový systém. Táto baktéria je označovaná aj ako univerzálna bunková továreň pre priemysel, poľnohospodárstvo, biomateriály a medicínu a už viac ako 60 rokov sa používa ako modelový systém v akademickom výskume. Preto bude možné priamo aplikovať výsledky tohto projektu do už existujúcich biotechnológií a biopriemyslu. |
| Web stránka projektu: | https://impulz.sav.sk/sk |
IntMmiMito - Interakcia proteínu Mmi1/TCTP s mitochondriami
Interaction of Mmi1/TCTP protein with mitochondria
| Doba trvania: |
1. 7. 2022 - 30. 6. 2025 |
| Evidenčné číslo: | SK-CZ-RD-21-0104 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Pevala Vladimír PhD. |
| Anotácia: | Mmi1 (proteín interagujúci s mitochondriami a mikrotubulami) je kvasinkový ortológ ľudského translačne kontrolovaného nádorového proteínu (TCTP), ktorý je konzervovaným a vysoko exprimovaným proteínom v mitoticky aktívnych a rakovinových bunkách. Ovplyvňuje kľúčové biologické procesy a čo je dôležité, bol navrhnutý ako cieľ liečby rakoviny. Napriek svojmu veľkému potenciálu v humánnej medicíne zostáva TCTP stále záhadným proteínom, pretože nie všetky jeho úlohy v bunke sú úplne pochopené alebo dokonca známe. Výsledky naznačujú, že kvasinkový ortológ Mmi1 proteín slúži ako senzor stresu, ktorý sa môže relokalizovať z cytosolu do mitochondrií. Mitochondrie sú esenciálne organely, ktoré dominujú rozhodovacím procesom o živote a smrti v bunke a Mmi1 pravdepodobne inhibuje bunkovú smrť (apoptózu) po väzbe na mitochondrie. Mechanizmus väzby Mmi1 na mitochondrie, ako aj jeho presné účinky na mitochondrie sú však veľmi málo pochopené. V našej štúdií použijeme modelový organizmus kvasinku Saccharomyces cerevisiae a ľudské bunky na štúdium väzby a interakcie Mmi1/TCTP s mitochondriami. Získané výsledky rozšíria naše poznatky o interakcii Mmi1 s mitochondriami a tiež nám pomôžu lepšie pochopiť silnú antiapoptotickú aktivitu TCTP v ľudských bunkách, ktorá je kritickým faktorom napr. pre rast a šírenie rakoviny. |
CIHLA - Klonálne a imunitné interakcie pri high-grade transformácii B-bunkových lymfómov
Clonal and immune interactions in high-grade transformation of B-cell lymphomas
| Doba trvania: |
1. 7. 2024 - 30. 6. 2027 |
| Evidenčné číslo: | APVV-23-0482 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Kľučár Ľuboš PhD. |
| Anotácia: | B-bunkové non-Hodgkinove lymfómy zahŕňajú rôznorodé spektrum lymfoproliferatívnych malignít, pričom rôzne podtypy sú asociované s rôznymi štádiami B-bunkovej diferenciácie a odzrkadľujú špecifický fenotyp pre dané štádium B-buniek, charakterizovaný konkrétnymi molekulárnymi markermi a unikátnym profilom génovej expresie. Transformácia indolentných lymfómov na agresívne ochorenie, predovšetkým difúzny veľkobunkový B-lymfóm, typicky vedie k akcelerovanej progresii klinického priebehu so signifikantne kratším prežívaním. Hlavným cieľom tohto projektu je charakterizovať intra- a inter-lymfómovú heterogenitu B-bunkového vývojového radu na úrovni jednej bunky zhodnotením klonálnych a molekulárnych/signalizačných aberácií v indolentných lymfómoch, ktoré klinicky progredujú do agresívneho ochorenia. Okrem toho, s cieľom získať hlbšie poznatky o klinickej imunitnej dysfunkcii, ktorá významne ovplyvňuje klinickú prezentáciu a agresivitu ochorenia, vyhodnotíme adaptívne a prirodzené imunitné modulácie a funkčné dysfunkcie v mikroprostredí lymfómu. Identifikácia molekulárnych a imunitných mechanizmov spojených s high-grade transformáciou prehĺbi naše chápanie patobiológie B-bunkových lymfómov a umožní objavenie nových biomarkerov kľúčových pre presné identifikovanie pacientov s vysokým rizikom transformácie a rýchlej progresie ochorenia. |
Lactoferricin from the mammalian milk as a potential ally in fight against Covid-19
Lactoferricin from the mammalian milk as a potential ally in fight against Covid-19.
| Doba trvania: |
1. 1. 2025 - 31. 12. 2025 |
| Evidenčné číslo: | APP0655 |
| Program: |
DoktoGrant |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Babulic Patrik |
| Anotácia: | Covid-19 naďalej predstavuje celosvetovú hrozbu, najmä pre vysokorizikových pacientov v našej spoločnosti. Avšak,
stále nám chýba ľahko dostupná liečba. Spike proteín nachádzajúci sa na membráne viriónu SARS-CoV-2 využíva
ACE2 ako vstupnú bránu do hostiteľských buniek. Ľudský laktoferín, glykoproteín bežne sa vyskytujúci v mlieku, je
schopný blokovať vstup viriónu do buniek prostredníctvom priamej interakcie so Spike proteínom, ako bolo
pozorované v našich predchádzajúcich experimentoch. Hodláme preskúmať rozdiely medzi ľudským a rôznymi
živočíšnymi laktoferínmi v schopnosti viazať Spike. Máme v úmysle identifikovať dôležité úseky aminokyselín v rámci
celej proteínovej sekvencie, najprv in silico metódami a neskôr in vitro experimentmi. Takýto prístup môže urýchliť
dizajn farmakologických peptidov, ktoré by mohli byť použité ako účinný doplnkový nástroj, ktorý nám chýba, v boji s
ochorením Covid-19. |
Laktoferín a laktofericín ako inhibítory serínových proteáz: Z počítača cez laboratórium k pacientom
Lactoferrin and Lactoferricin as Inhibitors of Serine Proteases: From Byte to Bench to Bedside
| Doba trvania: |
1. 1. 2025 - 31. 12. 2028 |
| Evidenčné číslo: | VEGA 2/0134/25 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Leksa Vladimír PhD. |
| Anotácia: | Laktoferín je glykoproteín viažuci železo prítomný v ľudských exokrinných tekutinách, najmä v materskom mlieku. Uvoľňuje sa aj z neutrofilných granúl. Laktoferín hrá mnohostranné úlohy v imunite človeka. Biologické aktivity laktoferínu sú do značnej miery determinované jeho vysoko zásaditým N-koncom. Proteolytickým štiepením laktoferínu v tráviacom trakte vzniká bioaktívny peptid laktoferricín, odvodený práve z tohto N-konca. Laktofericín zdieľa niektoré vlastnosti laktoferínu, ale tiež vykazuje jedinečné vlastnosti a funkcie. Už skôr sme zistili, že laktofericín môže inhibovať aktivitu serínovej proteázy plazminogénu. Nedávno sme toto zistenie posunuli ďalej tým, že sme ukázali, že laktofericín môže inhibovať aj iné serínové proteázy homológne s plazminogénom. Predkladaný projekt má za cieľ odhaliť rozhodujúce štruktúrne činitele tejto funkčnej interakcie a na základe toho navrhnúť terapeutické aplikácie pri poruchách sprevádzaných nežiaducou aktivitou serínových proteáz. |
ApliPhage - Moderné aplikácie bakteriofágov v prevencii nozokomiálnych a alimentárnych infekcií
Modern bacteriophage applications in the prevention of nosocomial and alimentary infections
| Doba trvania: |
1. 7. 2024 - 30. 6. 2027 |
| Evidenčné číslo: | APVV-23-0140 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Bukovská Gabriela CSc. |
| Anotácia: | Rezistencia baktérií voči antibiotikám predstavuje jeden z najvýznamnejších problémov modernej medicíny, ktorý je príčinou mnohých ochorení a úmrtí. Jedným z riešení antibiotickej krízy je využitie bakteriofágov ako prirodzených bakteriálnych parazitov. Podobným spôsobom je možné bakteriofágy využiť aj pri ochrane potravín pred bakteriálnou kontamináciou. Endolyzíny, proteíny schopné lyzovať bakteriálne bunky na konci replikačného cyklu fágov, predstavujú ďalší spôsob vhodný na boj proti rezistentným patogénom. Hlavným cieľom predkladaného projektu bude rozšíriť poznatky o aplikácii bakteriofágov a fágových endolyzínov ako vhodných prostriedkov v prevencii bakteriálnych ochorení a v ochrane potravín. Východiskom projektu bude zbierka bateriofágov infikujúcich kmene E. coli, K. pneumoniae, Cronobacter, Enterobacter a Enterococcus vytvorená na riešiteľských pracoviskách v predchádzajúcom období. V rámci tohto projektu budeme charakterizovať vlastnosti bakteriofágov (lytická schopnosť, spektrum hostiteľov, anti-biofilmová aktivita, stabilita, prítomnosť nežiadúcich génov). Taktiež pripravíme rekombinantné endolyzíny z profágov rodov Listeria, Streptococcus a Enterococcus a overíme ich antibakteriálne schopnosti. Ako hlavný cieľ projektu pripravíme rekombinantné bakteriofágy infikujúce kmene E. coli a Cronobacter, ktoré budú mať rozšírené spektrum účinku a vylepšené lytické schopnosti. Účinnosť pripravených fágových preparátov a endolyzínov overíme v podmienkach in vitro, čím sa vytvorí dôležitá základňa pre zavedenie dostupnej a bezpečnej fágovej terapie pre pacientov na Slovensku a tiež prostriedok pre sanitáciu priestorov a ochranu potravín. |
Molekulárne mechanizmy fibrotických a zápalových procesov difúznych parenchýmových pľúcnych chorôb - analýzy definovaných markerov v bronchoalveolárnych lavážach a ich význam v klinickej praxi
-
| Doba trvania: |
1. 1. 2024 - 31. 12. 2027 |
| Evidenčné číslo: | 1/0426/24 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Leksa Vladimír PhD. |
CellMeter - Molekulárny mechanizmus meracieho zariadenia na nájdenie správneho miesta bakteriálneho asymetrického bunkového delenia
Molecular mechanism of measuring device for finding the proper site of bacterial asymmetric cell division
| Doba trvania: |
1. 7. 2023 - 30. 6. 2027 |
| Evidenčné číslo: | APVV-22-0303 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Barák Imrich DrSc. |
| Anotácia: | Schopnosť bakteriálnych spór vydržať bez živín milióny rokov a potom vyklíčiť predstavuje hrozbu pre ľudstvo, ako
aj potenciálnu výhodu pre využitie v medicíne a v priemysle. Mnohé sporulujúce baktérie rodu Bacillus a Clostridia,
ako Bacillus cereus, B. anthracis, Clostridium difficile, C. botulinum, C. tetani, C. perfirngens spôsobujú závažné
infekčné ochorenia. Napriek tomu, trvanlivosť spór zaznamenala význam na použitie ako probiotiká v
potravinárskom priemysle a teplotná odolnosť spór B. subtilis a ich schopnosť odolávať vysychaniu sa stala
základom aj pre ich vývoj ako systémov na výrobu nových ľahko skladovateľných a použiteľných vakcín. Aj to je
dôvod, prečo sa tento organizmus už desaťročia využíva na štúdium mechanizmov bunkového delenia a najmä
procesu diferenciácie, nazývaného sporulácia.
V tomto projekte sa zameriavame hlavne na to, aby sme na molekulárnej úrovni pochopili, ako môžu baktérie
merať svoju dĺžku a nájsť správne miesto bunkového delenia s veľkou presnosťou. Konkrétne sa sústreďujeme na
tvorbu asymetricky umiestnenej sporulačnej prepážky v Bacillus subtilis. Pochopenie tohto mechanizmu patrí
medzi jednu z najfascinujúcejších otázok v bakteriálnej vývojovej biológii. Očakávané poznatky sú dôležité najmä z
hľadiska základného výskumu. Navyše, poznatky o inhibícii funkcie proteínov, ktoré sa podieľajú na delení buniek
a sporulácii, však môžu pomôcť aj v príprave nových antibakteriálnych liečiv, najmä proti patogénnym
multirezistentným baktériám tvoriacim endospóry |
iMMunoedit - Nádorové imunoeditovanie v mnohopočetnom myelóme: imunitné kontrolné body a klinický význam
Cancer immunoediting in multiple myeloma: immune checkpoints and clinical significance
| Doba trvania: |
1. 8. 2021 - 30. 6. 2025 |
| Evidenčné číslo: | APVV-20-0183 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Kľučár Ľuboš PhD. |
| Anotácia: | Pochopenie komplexných imunitných obranných mechanizmov proti nádorom, tzv. imunoeditovani e nádorov, je pri
mnohopočetnom myelóme (MM) náročné. Charakteristickým znakom mikroprostredia MM je závažná imunitná
dysregulácia a strata imunitného dozoru. Celkovým cieľom projektu je charakterizovať imunoeditovanie v MM
pomocou bunkových a molekulárnych prístupov. Zameriame sa na pochopenie komplexného vr odeného a
adaptívneho imunitného systému počas vývoja MM: od premalígnych štádií MGUS a tlejúci MM po symptomatický
MM. Zadefinujeme rôzne mechanizmy imunitných kontrolných bodov a ich biologické prejavy na nádor
podporujúce/potláčajúce subtypy imunitných buniek v mikroprostredí nádoru, spolu s nádorovými MM bunkami,
ako aj blokujúci účinok nových inhibítorov imunitných kontrolných bodov ex vivo. Preskúmame vplyv anti -MM
terapie na moduláciu imunoeditovania MM v homogénne liečenej skupine pacientov s MM, čo nám umožní
vyhodnotiť vplyv potlačeného imunitného systému na vznik rezistentných nádorových klonov a naopak. Pomocou
hmotnostnej cytometrie vyhodnotíme imunoeditovanie MM na primárnych vzorkách pacientov spolu s
mechanizmami imunitných kontrolných bodov, vrátane regulačných kostimulačných/nádorových
antigénov/kontrolných molekúl a signálnych dráh. Tieto štúdie identifikujú mechanizmy a biologické následky
imunoeditovania v MM a budú podkladom pre dizajn cielenej terapie a imunoterapie v MM. |
MEDIHONEY - Nový pohľad na biochemické a funkčné vlastnosti hlavných antibakteriálnych zložiek medu
New insight into biochemical and functional properties of the major antibacterial components of honey
| Doba trvania: |
1. 7. 2022 - 30. 6. 2026 |
| Evidenčné číslo: | APVV-21-0262 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Ing. Majtán Juraj DrSc., MBA, FIFST |
| Anotácia: | Med je úspešne používaný v klinickej praxi v manažmente hojenia rán. Z dôvodu celosvetového výskytu baktérií rezistentných na antibiotiká, narastá záujem o med ako zdravotnícku pomôcku v procese hojenia infekčných, resp.
chronických rán. Aj keď med vykazuje výraznú in vitro antibakteriálnu aktivitu, a to aj voči multi -rezistentným
baktériám, mechanizmy antibakteriálneho účinku medu a jeho jednotlivých antibakteriálnych látok v klinických podmienkach nie sú úplne objasnené. Predpokladáme, že infekčná rana predstavuje nehostinné prostredie pre hlavné antibakteriálne zložky medu, ako sú včelí enzým glukózooxidáza (GOX) a metylglyoxál, hlavná antibakteriálna zlúčenina ne-peroxidového manukového medu, ktorý tvorí základ tzv. medicínskeho medu. Projekt MEDIHONEY sa zameriava na rozbor antibakteriálneho účinku medu na biochemickej úrovni a orientuje sa na dôležité, ale pomerne zanedbané aspekty antibakteriálnej účinnosti rôznych druhov medu v podmienkach mimikujúcich ranové prostredie, objasňujúc úlohu hlavných antibakteriálnych zložiek medu. V predloženom projekte budeme charakterizovať biochemické vlastnosti a štruktúru enzýmu GOX, zodpovedného za tvorbu peroxidu vodíka v zriedenom mede, čo umožní jeho ďalšie použitie v medicínskych a biotechnologických aplikáciách. Nový syntetický produkt určený na liečbu rán založený na pôsobení enzýmu GOX a pro-oxidačnom účinku polyfenolov bude pripravený a testovaný v projekte. Projekt sa tiež zameriava na potenciál medu a jeh o
zložiek eliminovať intracelulárne lokalizované bunky Staphylococcus aureus v ľudských epidermálnych kožných
bunkách, čo môže otvoriť nové možnosti použitia medu v liečbe vybraných kožných ochorení asociovaných s bakteriálnou infekciou (napr. atopická dermatitída). |
Odstraňovanie per- a polyfluóralkylových látok (PFAS): skúmanie potenciálnych stratégií biodegradácie
Removal of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS): investigation of potential biodegradation strategies
| Doba trvania: |
1. 7. 2024 - 31. 12. 2025 |
| Evidenčné číslo: | APD0058 |
| Program: |
PostdokGrant |
| Zodpovedný riešiteľ: |
MSc. Pavlović Jelena PhD. |
| Anotácia: | Od 50. rokov 20. storočia sa do životného prostredia uvoľnilo značné množstvo per- a polyfluóralkylových látok
(PFAS), bežne označovaných ako „večné chemikálie“, čo vedie k značnej kontaminácii pôdy, povrchových vôd a
zdrojov podzemnej vody. K expozícií PFAS dochádza pravidelne u ľudí, zvierat a životného prostredia
prostredníctvom rôznych tokov, ako sú potraviny, voda, spotrebné produkty a odpad výrobného priemyslu. PFAS
zahŕňa širokú kategóriu syntetických organických fluórovaných zlúčenín s rôznymi chemickými štruktúrami. Ich
pretrvávajúca povaha, toxicita pre živé organizmy, sklon k bioakumulácii a negatívne vplyvy na zdravie a ekosystémy
viedli k tomu, že ich regulačné orgány klasifikovali ako „najvyššie prioritné znečisťujúce látky“. Aj keď existuje
niekoľko fyzikálno-chemických metód na ošetrenie PFAS, tieto metódy sú vysoko nákladné, energeticky náročné a
dochádza k neúplnej mineralizácii (neschopnosti prerušiť väzbu C\F). V dôsledku toho rastie záujem o mikrobiálnu
degradáciu a enzymatickú úpravu PFAS, pretože predstavuje komplexnejšiu, nákladovo efektívnejšiu, udržateľnú a
ekologickejšiu alternatívu. V predkladanom projekte by som chcela rozvíjať stratégie biodegradácie PFAS využitím
mikroorganizmov a ich enzymatických schopností. Mikroorganizmy budú izolované z priemyselných
(charakterizovaných vysokou koncentrácioa PFAS) a komunálnych čističiek odpadových vôd. Hlavným cieľom
projektu je kombinácia mikrobiologických metód (kultivácia a selekcia mikroorganizmov) s molekulárnymi
(vysokovýkonné sekvenovanie), za účelom zvýšenia poznatkov o biodegradácii PFAS, ktoré následne umožnia vývoj
prístupov zameraných na ich biodegradáciu / bioremediáciu. |
Príprava mutantných lytických a replikačných proteínov bakteriofágov a ich antibakteriálny potenciál.
Preparation of mutant lytic and replication proteins of bacteriophages and their antibacterial potential
| Doba trvania: |
1. 1. 2022 - 31. 12. 2025 |
| Evidenčné číslo: | 2/0079/22 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Bukovská Gabriela CSc. |
| Anotácia: | Projekt je pokračovaním štúdia bakteriofágov a ich lytických a replikačných proteínov. Hlavným cieľom projektu je príprava proteínov s novou špecificitou, zvýšenou katalytickou a inhibičnou aktivitou voči baktériám a overenie ich antibakteriálneho potenciálu voči patogénom. Nové hybridné proteíny pripravíme vzájomnou kombináciou katalytických a väzbových domén doteraz nami charakterizovaných piatich endolyzínov. Zvýšenie lytickej aktivity a zmenu špecificity dosiahneme pomocou cielenej mutagenézy v aktívnych miestach katalytických domén muramidáz, glykozylhydroláz a endopeptidáz a väzbových domén. Pri replikačných proteínoch sa zameriame na prípravu mutantov replikačných proteínov helikáz pomocou riadenej mutagenézy. Modelovaním vlastností helikáz získame nové poznatky o replikácii a replikačnom mechanizme fágovej DNA, a o interakciách
fágových a bakteriálnych proteínov, alebo o inhibítoroch, ktoré sú zodpovedné za vypnutie replikačného
mechanizmu a životných procesov bakteriálneho hostiteľa. |
STRAKA - Strom a krajina – vplyv drevín na diverzitu pôdnych mikroorganizmov v poľnohospodárskej krajine
Tree and country - influence of trees on diversity of soil microorganisms in agricultural land
| Doba trvania: |
1. 7. 2021 - 30. 6. 2025 |
| Evidenčné číslo: | APVV-20-0257 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Zámocký Marcel DrSc. |
| Anotácia: | Monitorovanie mangánovej peroxidázovej aktivity spektrofotometricky dáva prehľad o prítomnosti a biodiverzite pôdnych húb. Tento parameter detegujeme vo vozkrách pôd obobratých v blízkosti solitérnych dubov. |
HIPSI - Systém na identifikáciu škvŕn na historickom papieri založený na umelej inteligencii a bioinformatike pre konzervovanie a restaurovanie
AI and Bioinformatics-Based Stain Identification System for Historic Paper Conservation and Restoration
Štipendiá pre excelentných výskumníkov ohrozených vojnovým konfliktom na Ukrajine č. 09I03-03-V01-00113
The stipend for a scientist threatened by the war in Ukraine č. 09I03-03-V01-00113
| Doba trvania: |
1. 11. 2022 - 31. 10. 2025 |
| Evidenčné číslo: | 09I03-03-V01-00113 |
| Program: |
Plán obnovy EÚ |
| Zodpovedný riešiteľ: |
RNDr. Moskalets Tetiana PhD. |
| Anotácia: | Plán obnovy a odolnosti SR - 3P01
Hlavnými cieľmi projektu sú 1) výskum mliečneho glykoproteínu laktoferínu ako potenciálneho liečiva pri ochorení covid-19 a 2) vývin diagnostických nástrojov pre tzv. long covid (pretrvávajúci covid). Špecifické ciele budú zahŕňať biochemické analýzy, ako napríklad purifikácia, príprava a charakterizácia peptidov, proteínov a iných molekúl, kryštalografické štúdie, ale aj bunkové modely a funkčné testy. |
PFAS_Free - Štúdia uskutočniteľnosti mikrobiologickej degradácie poly- a perfluóralkylu (PFAS)
Feasibility study for the microbiological degradation of poly- and perfluoroalkyl (PFAS) PFAS_Free
| Doba trvania: |
1. 7. 2024 - 30. 6. 2027 |
| Evidenčné číslo: | APVV-23-0382 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Puškárová Andrea PhD. |
| Anotácia: | Od 50. rokov 20. storočia sa do životného prostredia uvoľnilo značné množstvo per- a polyfluóralkylových látok (PFAS), bežne označovaných ako „večné chemikálie“, čo vedie k značnej kontaminácii pôdy, povrchových vôd a zdrojov podzemnej vody. K expozícií PFAS dochádza pravidelne u ľudí, zvierat a životného prostredia prostredníctvom rôznych tokov, ako sú potraviny, voda, spotrebné produkty a odpad výrobného priemyslu. PFAS zahŕňa širokú kategóriu syntetických organických fluórovaných zlúčenín s rôznymi chemickými štruktúrami. Ich pretrvávajúca povaha, toxicita pre živé organizmy, sklon k bioakumulácii a negatívne vplyvy na zdravie a ekosystémy viedli k tomu, že ich regulačné orgány klasifikovali ako „najvyššie prioritné znečisťujúce látky“. Aj keď existuje niekoľko fyzikálno-chemických metód na ošetrenie PFAS, tieto metódy sú vysoko nákladné, energeticky náročné a dochádza k neúplnej mineralizácii (neschopnosti prerušiť väzbu C\F). V dôsledku toho rastie záujem o mikrobiálnu degradáciu a enzymatickú úpravu PFAS, pretože predstavuje komplexnejšiu, nákladovo efektívnejšiu, udržateľnú a ekologickejšiu alternatívu. V tomto projekte by sme chceli rozvíjať stratégie biodegradácie PFAS využitím mikroorganizmov a ich enzymatických schopností. Mikroorganizmy budú izolované z priemyselnej čistiarne odpadových vôd s vysokými koncentráciami PFAS. Kombinácia mikrobiologických (kultivácia a selekcia mikroorganizmov), molekulárnych (vysokovýkonné sekvenovanie) a chemických metód [chromatografia, spektrofotometria (ICP-MS, IC, LC-HRMS a NMR) a výpočtová analýza] zvýši poznatky o mechanizme biodegradácie PFAS a následne umožňí rozvoj prístupov zameraných na ich biodegradáciu / bioremediáciu. |
Štúdium a charakterizácia Min proteínov z Clostridioides difficile.
Study and characterization of Clostridioides difficile Min proteins.
| Doba trvania: |
1. 1. 2022 - 31. 12. 2025 |
| Evidenčné číslo: | 2/0033/22 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Labajová Naďa PhD. |
| Anotácia: | Navrhovaný projekt je zameraný na štúdium schopnosti samo-organizácie a mechanizmov zapojených vo fungovaní proteínov Min systému z Clostridioides difficile. C. difficile je bežná ľudská patogénna baktéria. Najmä po liečbe antibiotikami sa môže premnožiť a potlačiť baktérie normálnej črevnej mikroflóry, produkovať toxíny, ktoré spôsobujú pacientom silné hnačky, zápaly hrubého čreva alebo dokonca smrť. Min systém je konzervovaný proteínový komplex, ktorý sa podieľa na regulácii polohy deliaceho septa v tyčinkových baktériách. Pôsobí ako negatívny regulátor bunkového delenia, ktorý blokuje tvorbu deliaceho septa v miestach, v ktorých je jeho tvorba nežiaduca. C. difficile Min systém zahŕňa homológy z gram-pozitívnych aj gram-negatívnych baktérií, a predstavuje tak jedinečný, zatiaľ neopísaný druh Min systému. Pochopenie mechanizmov zapojených do regulácie bunkového delenia u C. difficile je mimoriadne dôležité a môže viesť k vývoju cielenejších a účinnejších liečiv proti infekciám spôsobených C. difficile. |
Štúdium štruktúrno-funkčných vzťahov amylolytických enzýmov alfa-amylázového klanu GH-H a príbuzných rodín GH57 a GH119.
Study of structure-function relationships of amylolytic enzymes of the alpha-amylase clan GH-H and related families GH57 and GH119.
| Doba trvania: |
1. 1. 2024 - 31. 12. 2027 |
| Evidenčné číslo: | 2/0102/24 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Mareček Filip PhD. |
| Anotácia: | Projekt je zameraný na štúdium vzťahu medzi štruktúrou a funkciou amylolytických enzýmov tzv. alfa-amylázového klanu GH-H a príbuzných rodín GH57 a GH119. Amylolytické enzýmy sú aktívne voči glukozidovým väzbám v škrobe, glykogéne a príbuzných alfa-glukánoch. Tieto enzýmy patria do skupiny glykozidových hydroláz (GH) a sú súčasťou databázy CAZy, ktorá klasifikuje enzýmy aktívne voči sacharidom (CAZýmy) do rodín podľa podobností v ich aminokyselinových sekvenciách. Ťažiskom projektu sú najmä rodiny GH13 a GH77 patriace do klanu GH-H, ako aj príbuzné “alfa-amylázové” rodiny GH57 a GH119. Hlavným cieľom projektu je pre vybrané amylolytické enzýmy prostredníctvom ich produkcie ako rekombinantných proteínov a ich biochemickej charakterizácie prispieť k poznaniu biologických procesov, do ktorých sú tieto enzýmy zapojené. Výsledky projektu poskytnú poznatky, ktoré sa môžu následne využiť v proteínovom dizajne amylolytických enzýmov, napr. na produkciu týchto enzýmov so zmenenou aktivitou a substrátovou preferenciou. |
Štúdium vplyvu mutácií asociovaných so srdcovými arytmiami v svorkovej oblasti ľudského ryanodínového receptora 2
Study of the effect of cardiac arrhythmia-associated mutations on the structure and function in the clamp region of human ryanodine receptor 2
| Doba trvania: |
1. 1. 2024 - 31. 12. 2027 |
| Evidenčné číslo: | 2/0081/24 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Bauerová Vladena PhD. |
| Anotácia: | Ľudský ryanodínový receptor 2 (hRyR2) je vápnikový kanál, ktorého hlavnou funkciou je uvoľňovanie
vápnikových iónov zo sarkoplazmatického retikula do cytoplazmy, čo je podmienkou pravidelnej srdcovej
činnosti. Dôležitou regulačnou oblasťou hRyR2 je svorková oblast, ktorej súčaťou je doména Repeat12.
Repeat12 obsahuje 14 doteraz identifikovaných mutácií, ktoré súvisia predovšetkým s arytmiami
(kardiomyopatie, CPVT1, SCV TdP, SIDS). Uvedené ochorenia znižujú kvalitu života a v mnohých prípadoch
spôsobujú aj smrť jedinca. Hlavnou náplňou projektu je štúdium vybraných mutácii asociovaných so srdcovými
arytmiami v doméne Repeat12 pomocou in vitro a in silico prístupu. Projekt sa taktiež zameriava na lepšie
porozumenie Repeat12 ako metabolického senzora. Získané výsledky významne prispejú k charakterizácii
vybraných mutácií na biochemickej, biofyzikálnej a štrukturálnej úrovni a pomôžu porozumieť procesom
otvárania/zatvárania hRyR2 vo vyššie uvedených patologických stavoch. |
MitoTransport - Účinok patologických mutácií a posttranslačných modifikácií na funkcie mitochondriálnej procesujúcej peptidázy nevyhnutnej pre transport do mitochondrií
The effect of pathologic mutations and post-translational modifications on the functions of mitochondrial processing peptidase essential for transport to mitochondria
| Doba trvania: |
1. 7. 2024 - 30. 6. 2028 |
| Evidenčné číslo: | APVV-23-0407 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Ing. Kutejová Eva DrSc. |
| Anotácia: | Mitochondrie sú semi-autonómne organely, ktorých správna funkcia závisí od dvoch súborov proteínov. Menšia časť sa syntetizuje priamo vo vnútri mitochondrií, zatiaľ čo väčšia časť je produkovaná v cytosole. Cytosolicky syntetizované proteíny majú na svojom N-konci presekvenciu, ktorá zabezpečuje ich import do mitochondrií. Následne je potrebné presekvenciu odstrániť, čím dôjde k správnemu poskladaniu proteínových komplexov. V mitochondriách sú presekvencie štiepené niekoľkými peptidázami, ako napr. mitochondriálna procesujúca peptidáza (MPP), procesujúca peptidáza vnútornej mitochondriálnej membrány (IMP), medzimembránová procesujúca peptidáza (MIP) a mitochondriálna romboidná proteáza (Pcp1/PARL). Ich správne fungovanie je nevyhnutné pre mitochondriálnu homeostázu, pretože delécia ktorejkoľvek z nich je v kvasinkách smrteľná a u človeka vážne ovplyvňuje prežitie a dĺžku života. Za primárne štiepenie proteínovej presekvencie zodpovedá heterodimérna peptidáza MPP, ktorá je u ľudí kódovaná génmi PMPCA a PMPCB. Mutácie v týchto génoch boli popísané u pacientov s neprogresívnou alebo pomaly nastupujúcou cerebelárnou ataxiou, v závažnejších prípadoch cerebelárnou atrofiou a zmenou striata. Okrem toho boli vo viacerých rakovinových bunkách pozorované post-translačné modifikácie podjednotiek MPP, ktoré môžu rovnako ovplyvňovať udržiavanie mitochondriálnej homeostázy. Navrhovaný projekt sa zameriava na štúdium vplyvu mutácií génu PMPCA c.722A>C, p.(Tyr241Ser) a c.751A>G, p.(Met251Val) identifikovaných u 8-ročného pacienta s progresívnou spastickou kvadruparézou, oneskoreným psychomotorickým vývojom a mentálnym postihnutím na biochemické a štruktúrne vlastnosti komplexu MPP, transkriptomickú analýzu mRNA a proteomickú analýzu mitochondriálnych proteínov, ktorých hladina môže byť ovplyvnená týmito mutáciami. Okrem toho sa zameriame na charakterizáciu zmien vo vlastnostiach najčastejšie sa vyskytujúcich fosforylovaných foriem MPP v rakovinových bunkách. |
hLON CODASS - Úloha ľudskej mitochondriálnej LON proteázy v prejavoch syndrómu CODAS
The Role of Human Mitochondrial LON Protease in CODAS Syndrome
| Doba trvania: |
1. 9. 2024 - 30. 8. 2026 |
| Evidenčné číslo: | 09I03-03-V04-00580 |
| Program: |
Plán obnovy EÚ |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Kunová Nina PhD. |
| Anotácia: | CODAS (z angl. Cerebral, Ocular, Dental, Auricular, Skeletal Anomalies) syndróm (CODASS) je zriedkavé multisystémové ochorenie prejavujúce sa od útleho detstva, ktoré zahŕňa široké spektrum symptómov. Postihnutí pacienti vykazujú oneskorený vývoj, kraniofaciálne anomálie, katarakt, ptózu, oneskorené prerezávanie zubov, dyspláziu zubnej skloviny, stratu sluchu, spomalenie rastu, skeletálnu dyspláziu, skoliózu a iné. Dodnes bolo celosvetovo identifikovaných len 23 prípadov CODAS syndrómu. Ide o autozomálne recesívne dedičné ochorenie spôsobené výlučne bialelickými mutáciami, homozygotnými alebo heterozygotnými, v jadrovom géne kódujúcom mitochondriálnu ATP-závislú proteázu LON. LON proteáza je základnou zložkou mitochondriálnej proteolýzy, ktorá pôsobí ako proteáza, šaperón a proteín viažuci mtDNA. Navrhovaný projekt sa zameriava na heterozygotnú mutáciu NM_004793.4: c.2048G>A/p.Gly683Asp a c.2113C>T/p.Arg705Cys v géne LONP1 nájdenú u 8-ročného chlapca, čo predstavuje prvý prípad CODAS syndrómu zaznamenaný na Slovensku a len tretí takýto prípad zaznamenaný v Európe. Plánujeme popísať zmeny v LON proteáze spôsobené týmito mutáciami, ako napr. zmeny v stabilite LON proteázy, štruktúre, biochemických aktivitách a celkovom fungovaní, aby sme lepšie pochopili podstatu tejto poruchy a jej celkový vplyv na homeostázu mitochondriálnych proteínov. |
Úloha mitochondriálnej proteázy Lon a fosforylácie proteínov mitochondriálneho nukleoidu v homeostáze a udržiavaní mtDNA 2/0069/23
-
| Doba trvania: |
1. 1. 2023 - 31. 12. 2026 |
| Evidenčné číslo: | 2/0069/23 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Ing. Kutejová Eva DrSc. |
| Anotácia: | Mitochondrie predstavujú významné zložky eukaryotických buniek, ktoré zásobujú bunky energiou a zároveň sú zapojené do viacerých kľúčových regulačných dráh. Ich správna funkcia závisí od kooperácie jadrového a mitochondriálneho genómu. Mitochondriálne poruchy prejavujúce sa zlyhaním funkcie dýchacieho reťazca, zmenami vo fosforylácií proteínov a mutáciami mtDNA sú často spojené so starnutím, myopatiami, neurodegeneratívnymi ochoreniami a rakovinou. ATP-závislé proteázy a šaperóny sú zodpovedné za
udržiavanie mitochondriálnej homeostázy a kontrolu kvality proteínov. Ovplyvňujú tiež stabilitu a zloženie mitochondriálneho nukleoidu. V práci sa zameriame na dokončenie štúdia vplyvu zmien spôsobených inaktiváciou LON proteázy na mitochondriálny proteóm a celkovú mitochondriálnu homeostázu. Budeme sledovať vplyv jej inaktivácie na stabilitu mtDNA a funkcie komplexov dýchacieho reťazca. Zameriame sa tiež na charakterizáciu vplyvu post-translačných modifikácií LON proteázy a mt šaperónov na ich štruktúru a funkciu. |
NaturPack - Využitie prírodných rastlinných olejov a extraktov pre potravinové obaly
Application of natural plants oils and extracts for foodpackaging
| Doba trvania: |
1. 7. 2024 - 30. 6. 2027 |
| Evidenčné číslo: | APVV-23-0401 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Dr. Pangallo Domenico DrSc. |
| Anotácia: | Prírodné rastlinné extrakty a esenciálne oleje obsahujú bioaktívne zlúčeniny, ktoré inhibujú rast mikróbov, zabraňujú kazeniu potravín a zvyšujú bezpečnosť.
Tieto prírodné zlúčeniny boli priamo začlenené do biodegradovateľných polymérov, aby sa zabránilo mikrobiálnej kontaminácii. |
SUNTRAP - Vývin listových pascí mäsožravých rastlín rosičky: Zdroj unikátnych hydroláz s možnosťami využitia v biotechnológiách
Developing leaf traps of carnivorous sundews: Source of unique hydrolases with a high potential in biotechnology
| Doba trvania: |
1. 9. 2024 - 30. 6. 2028 |
| Evidenčné číslo: | APVV-23-0448 |
| Program: |
APVV |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Mgr. Bauerová Vladena PhD. |
| Anotácia: | Mäsožravosť predstavuje osobitný prípad funkčnej adaptácie rastlín na prostredie, ktorá umožňuje ich rast v pôde chudobnej na živiny. Mäsožravé rastliny rodu Drosera využívajú modifikované listy (pasce), ktoré predstavujú univerzálne orgány pre viaceré funkcie, ako je chytanie koristi, trávenie a absorpcia živín a fotosyntéza. O tom, ako celý proces funguje na úrovni vývinu listu a produkcie enzýmov je ešte veľa neznámeho. V rámci projektu budeme pomocou transkriptomiky a proteomiky skúmať vybrané štádiá vývinu listov rosičky, tvorbu funkčných lapacích orgánov a produkciu hydrolytických enzýmov. Na základe skríningových údajov bude vytvorený zoznam génov/proteínov relevantných pre vývin listu a podieľajúcich sa na trávení koristi. Ďalej sa zameriame na izoláciu doposiaľ necharakterizovaného génu kódujúceho hydrolázu a zapojeného do trávenia a vyhodnotíme jeho orgánovo-špecifický expresný profil, čo prispeje k ďalšiemu prehĺbeniu pochopenia energetických potrieb rastliny a funkčnosti pascí. Na základe predchádzajúceho výskumu, v ktorom sme zaviedli produkciu dostatočného množstva purifikovaných rekombinantných proteínov – chitinázy a β-1,3-glukanázy pochádzajúcich z Drosera binata a Drosera rotundifolia v expresnom systéme Escherichia coli tieto enzýmy biofyzikálne, biochemicky a štrkturále ocharakterizujeme. Taktiež identifikujeme ligandy, ktoré modulujú ich aktivitu a stabilitu. Okrem toho vyhodnotíme potenciál hydrolytických enzýmov v biotechnologických aplikáciách testovaním, či kombinácia týchto enzýmov má vplyv na rast vybraných fytopatogénov. |
Vývoj nových metodických prístupov na hodnotenie kvality medu
The development of new methods for assessing honey quality
| Doba trvania: |
1. 1. 2022 - 31. 12. 2025 |
| Evidenčné číslo: | 2/0022/22 |
| Program: |
VEGA |
| Zodpovedný riešiteľ: |
Ing. Majtán Juraj DrSc., MBA, FIFST |
| Anotácia: | Celosvetový nedostatok medu spôsobuje, že med sa čoraz častejšie stáva predmetom falšovania a znehodnocovania, čím sa negatívne ovplyvňujú biologické vlastnosti medu. Súčasne normy určujúce kvalitatívne fyzikálno-chemické požiadavky na med sú nedostačujúce a je potreba vývoja nových doplnkových prístupov na stanovenie kvality a pravosti medu, ktoré by zohľadňovali aj biologické vlastnosti medu, predovšetkým
antibakteriálny potenciál medu. Cieľom projektu je preto vývoj a optimalizácia sendvičového ELISA testu založeného na detekcii a kvantifikácii včelieho proteínu - enzýmu glukózooxidáza v mede, ako aj vývoj metódy na stanovenie jeho enzýmovej aktivity. Popri vývoju testov pristúpime v projekte aj k optimalizácii technologického procesu spracovania medu po jeho kryštalizácii a to charakterizáciou konvenčného teplotného
opracovania medu ako aj testovaním alternatívneho spôsobu stekuťovania medu pomocou ultrazvuku. Vyvinuté testy a postupy umožnia aj monitorovanie zavádzania nových metód pri spracovaní medu. |
Zvýšenie energetickej úspory o 2 stupňe z B na A0a realizácia debarierizačných opatrení prioritne s využitím zariadenívyužívajúcich Obnoviteľne zdroje energii, vrátane zariadení, ktoré sú súčasťou systému zásobovania energiou verejnej budovy SAV-OZE
-
Zvýšenie energetickej úspory o 2 stupňe z C na A1 a realizácia debarierizačných opatrení vo verejnej budove SAV
-
Celkový počet projektov: 38
