Témy doktorandského štúdia

Objasnenie molekulárneho mechanizmu funkcie rastlinného kalpaínu DEK1.

fyziológia rastlín

Mgr. Viktor Demko, PhD.

Kontakt:

Prírodovedecká fakulta UK

DEFECTIVE KERNEL 1 (DEK1) je mnoho-doménový membránový proteín s kalpaínovou proteázou na C-konci. DEK1 má esenciálne funkcie počas celej ontogenézy rastlín. Od jeho aktivity závisí správna orientácia bunkových delení a špecifikácia bunkovej identity. Súčasný model funkcie DEK1 predpokladá senzorickú úlohu jeho veľkej transmembránovej domény, regulačnú funkciu Linker segmentu a proteolytickú aktivitu kalpaínovej proteázy, ktorá sa podieľa na riadenej modifikácii a destabilizácii jej bunkových substrátov. Napriek nevyhnutnosti DEK1 pre akýkoľvek organizovaný rast rastlín sú mnohé aspekty jeho molekulárnej funkcie stále neznáme. Predovšetkým, nepoznáme priame substráty DEK1 kalpaínu, nepoznáme štruktúru a mechanizmus aktivity transmembránovej domény DEK1 a nie je jasné, aké mechanizmy sa podieľajú na časopriestorovej regulácii aktivácie DEK1. Súčasné výsledky našej skupiny a ďalších naznačili možné funkčné prepojenie medzi DEK1, CCR4-NOT komplexom a epigenetickou reguláciou expresie génov.
Cieľom tejto práce je experimentálne testovať funkčné prepojenie medzi DEK1, CCR4-NOT komplexom a RNA metyláciou využitím modelového organizmu Physcomitrium patens. Doktorandi sa tiež zapoja do prebiehajúcich prác na odhalení atómovej štruktúry DEK1.
Projekt prebieha v rámci medzinárodnej spolupráce a od doktorandov sa očakáva absolvovanie výskumného pobytu na zahraničnom pracovisku.