Chemický ústav SAV, v. v. i.
Názov témy
Multiškálové metódy na štúdium štruktúry a dynamiky proteínov
Program DŠ
Fyzikálna chémia
Meno školiteľa/-ky
Ing. Vladimír Sládek, PhD.
Kontakt:
Prijímajúca škola
Fakulta chemickej a potravinárskej technológie STU
Stručná anotácia
Práca predpokladá tvorivý príspevok v rozvoji súčasne dostupnej metodiky na analýzu štruktúry a
dynamiky proteínov. Multiškálovosť témy spočíva v použití metodiky popisu proteínu, založenej na
výpočtoch z prvých princípov (ab initio), klasickej (atomistickej) molekulovej dynamiky (MD) a
teórie grafov (network modely). Takýto prístup umožní získať kvalitatívne aj kvantitatívne
predpovede v oblasti proteomiky (resp. molekulárnej biológie). Vo všeobecnosti možno tieto
prístupy zastrešit pod počítačové metódy (computational / in silico methods). Akcent bude kladený
predovšetkým na vytvorenie a testovanie network modelov nadväzujúcich na informácie získané z
ab initio výpočtov a MD simulácií. Praktické aplikácie týchto metód sú orientované na, okrem
iného, identifikovanie kľúčových aminokyselín pri viazaní ligandov do enzýmov, interakcie
signálnych proteínov napr. v imunitných signálnych kaskádach a pod. Testovanie a validácia
navrhnutých metód bude na biologických systémoch v spolupráci so syntetickými a biologickými
skupinami.
dynamiky proteínov. Multiškálovosť témy spočíva v použití metodiky popisu proteínu, založenej na
výpočtoch z prvých princípov (ab initio), klasickej (atomistickej) molekulovej dynamiky (MD) a
teórie grafov (network modely). Takýto prístup umožní získať kvalitatívne aj kvantitatívne
predpovede v oblasti proteomiky (resp. molekulárnej biológie). Vo všeobecnosti možno tieto
prístupy zastrešit pod počítačové metódy (computational / in silico methods). Akcent bude kladený
predovšetkým na vytvorenie a testovanie network modelov nadväzujúcich na informácie získané z
ab initio výpočtov a MD simulácií. Praktické aplikácie týchto metód sú orientované na, okrem
iného, identifikovanie kľúčových aminokyselín pri viazaní ligandov do enzýmov, interakcie
signálnych proteínov napr. v imunitných signálnych kaskádach a pod. Testovanie a validácia
navrhnutých metód bude na biologických systémoch v spolupráci so syntetickými a biologickými
skupinami.