Biomedicínske centrum SAV, v. v. i.
Názov témy
Teoretické štúdium možných mechanizmov alosterickej aktivácie vápnikovej pumpy SERCA
Program DŠ
biofyzika
Meno školiteľa/-ky
RNDr. Magdaléna Májeková, PhD.
Kontakt:
Prijímajúca škola
Prírodovedecká fakulta UPJŠ
Stručná anotácia
Nedávny výskum poukázal na dôležitosť narušenej vápnikovej signalizácie pri mnohých patologických procesoch. Kľúčovú úlohu pri zachovávaní vápnikovej homeostázy zabezpečuje vápniková ATPáza sarko/endoplazmatického retikula SERCA, ktorá pumpuje vápnikové ióny z cytoplazmy do lumenu. Aktivitu SERCA, ktorá môže byť za patologických podmienok znížená, je možné zvýšiť alosterickými aktivátormi. Je pravdepodobné, že ich mechanizmus účinku, ktorý doteraz nie je známy, môže byť založený na interferencii s modulačnými účinkami ATP. Cieľom práce bude prispieť k objasneniu modulačných účinkov ATP a možného mechanizmu alosterickej aktivácie pomocou metód molekulového modelovania a molekulovej dynamiky. Práca vyžaduje predchádzajúce skúsenosti s uvedenými metódami a prácou s vysokovýkonnou výpočtovou technikou (HPC).