Parazitologický ústav SAV, v. v. i.
Názov témy
Klasické a pokročilé metódy detekcie vývojových štádií antropozoonotických druhov helmintov vo vodných ekosystémoch strednej Európy.
Program DŠ
Parazitárne choroby zvierat
Meno školiteľa/-ky
MVDr. Daniel Barčák, PhD.
Kontakt:
Prijímajúca škola
Univerzita veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach
Stručná anotácia
Cieľom dizertačnej práce je vývoj metódy neinvazívnej detekcie parazitov spôsobujúcich ochorenia ľudí pomocou identifikácie parazitárnej DNA v environmentálnych vzorkách vody. Záchytnosť tejto metódy bude porovnaná s tradičnými postupmi laboratórneho vyšetrenia medzihostiteľov (vodné slimáky a ryby). Modelovými skupinami sú i) vtáčie schistosómy, spôsobujúce cerkáriovú dermatitídu, ii) heterofyidné a opistorchidné motolice ako pôvodcovia črevných a pečeňových trematodóz a iii) pásomnice rodu Dibothriocephalus, ktoré parazitujú v tráviacom trakte ľudí. Zo vzoriek vody odobraných z vodných plôch v obývaných oblastiach bude extrahovaná celková, tzv. environmentálna DNA (eDNA), ktorá obsahuje aj DNA parazitov. Pomocou primerov navrhnutých pre modelové skupiny parazitov bude amplifikovaná druhovo špecifická oblasť DNA, ktorá poslúži na ich identifikáciu. Pri tom bude využitý postup metabarkódovania a „Next generation“ sekvenovania, ktoré umožňujú časovo a finančne efektívnu analýzu viacerých vzoriek súčasne a preto sú vhodné pre plošný monitoring. Druhová skladba zachytená touto technikou bude porovnaná s druhovou skladbou získanou vyšetrením slimákov a rýb v laboratóriu.