Chemický ústav SAV, v. v. i.
Názov témy
Pohľad na štruktúru a dynamiku proteínov cez algoritmické prístupy
Program DŠ
Fyzikálna chémia
Meno školiteľa/-ky
Ing. Vladimír Sládek, PhD.
Kontakt:
Prijímajúca škola
Prírodovedecká fakulta UK
Stručná anotácia
Súčasne dostupná metodika na analýzu štruktúry a dynamiky proteínov integruje mnoho vedných disciplín.
Príspevok študenta k téme spočíva v použití metodiky popisu proteínu, založenej na výpočtoch z prvých
princípov (ab initio), klasickej (atomistickej) molekulovej dynamiky (MD) a teórie grafov (network modely).
Ku hlavným cieľom patrí vytvorenie a testovanie network modelov nadväzujúcich na informácie získané z
ab initio výpočtov a MD simulácií. Praktické aplikácie týchto metód sú orientované na, okrem iného,
identifikovanie kľúčových aminokyselín pri viazaní ligandov do enzýmov, interakcie signálnych proteínov
napr. v imunitných signálnych kaskádach a pod. Snahou bude získať kvalitatívne aj kvantitatívne predpovede
v oblasti proteomiky (resp. molekulárnej biológie).
Príspevok študenta k téme spočíva v použití metodiky popisu proteínu, založenej na výpočtoch z prvých
princípov (ab initio), klasickej (atomistickej) molekulovej dynamiky (MD) a teórie grafov (network modely).
Ku hlavným cieľom patrí vytvorenie a testovanie network modelov nadväzujúcich na informácie získané z
ab initio výpočtov a MD simulácií. Praktické aplikácie týchto metód sú orientované na, okrem iného,
identifikovanie kľúčových aminokyselín pri viazaní ligandov do enzýmov, interakcie signálnych proteínov
napr. v imunitných signálnych kaskádach a pod. Snahou bude získať kvalitatívne aj kvantitatívne predpovede
v oblasti proteomiky (resp. molekulárnej biológie).