Ústav vznikol roku 1943 v rámci Slovenskej akadémie vied a umení. Do Slovenskej akadémie vied (SAV) sa začlenil 18.6.1953. Roku 1982 bol premenovaný na Ústav historických vied. Uznesením Predsedníctva SAV z 22.3.1990 sa názov ústavu zmenil na Historický ústav Slovenskej akadémie (HÚ SAV).
Historický ústav SAV je kľúčovou inštitúciou na Slovensku zameranou na základný výskum v oblasti histórie. Realizuje systematický výskum slovenských dejín od najstarších čias po súčasnosť a vybraných otázok všeobecných dejín a dejín vied a techniky. V centre jeho bádateľskej činnosti je vývoj osídlenia Slovenska a politické, ekonomické, sociálne, národné a kultúrne dejiny Slovákov a národnostných menšín na slovenskom území. Osobitná pozornosť sa venuje vydávaniu prameňov k slovenským dejinám a spracovaniu bibliografie slovenských dejín. Jeho pracovníci aktívne pôsobia v rôznych národných a medzinárodných inštitúciách a významne sa podieľajú na medzinárodnej prezentácii slovenskej historickej vedy.
HÚ SAV vydáva vedecký Historický časopis (CC), vedecký internetový časopis Forum Historiae, populárno-vedecký časopis História atď.
Pri HÚ SAV pôsobia od 2011 profesionálne organizácie slovenskej historickej vedy: Slovenská historická spoločnosť (SHS) a Slovenská spoločnosť pre dejiny vied a techniky (SSDVT).
