Aktuality

EOSC-Synergy projekt programu H2020 je pripravený pomôcť riešiť COVID-19

Vložil(a): A. Nozdrovická, 6.4.2020, videné 288-krát

 

Ústav informatiky SAV sa od roku 2004 dlhodobo zapája dlhodobo do výstavby Paneurópskej výpočtovej infraštruktúry s výkonnými klastrami, ako aj s dátovými úložiskami. Iniciatíva prišla z CERN-u a v rokoch 2004 – 2008 práve CERN koordinoval dva projekty EGEE, EGEE II. Neskôr koordináciu prevzala organizácia Egi.eu, ktorá koordinovala projekty EGEE III, Egi-Inspire, Egi-Engage, EOSC-hub. Na všetkých uvedených projektoch sa zúčastňoval aj Ústav informatiky SAV.

Informácie o uvedených projektoch môžete nájsť aj na stránke ÚI SAV. Paneurópsku výpočtovú infraštruktúru doposiaľ využilo množstvo vedeckých inštitúcií vrátane projektov ESFRI.

V súčasnosti s novým koronavírusom COVID-19 svet čelí mnohým vedecko-výskumným výzvam. Vedci pracujú vo dne aj v noci a analyzujú možné ohniská nákazy, ako aj výskum nového lieku. Otvorená veda (Open Science) ako celok nikdy nebola relevantnejšia ako teraz a práve spolupatričnosť vedcov je teraz jednou z hlavných priorít výskumu tohto nebezpečného vírusu.

V projekte EOSC-Synergy riešitelia vrátane ÚI SAV sa snažili urobiť všetko preto, aby vedci mohli spolupracovať v tomto globálnom úsilí s využitím pokrokovej výpočtovej infraštruktúry. V krátkom čase  sa vytvorila služba Cloud Computing Service s využitím Galaxy portálu umožňujúcemu podporu prístupu výskumných pracovníkov k súborom údajov relevantným pre prebiehajúce skúmanie COVID-19. Tieto súbory údajov sú podporované najpokročilejšími výpočtovými infraštruktúrami, ktoré sú k dispozícii vo výpočtových centrách konzorcia projektu EOSC-Synergy, ale tiež aj možnosťou využitia cloudovej federácie Egi.eu. Príklad portálu Galaxy na spracovanie genomických údajov je uvedený TU. Portál je voľne prístupný a obsahuje údaje o koronavíruse, napr. špeciálne vzorky zo SARS-CoV-2 (COVID-19) denne aktualizované z verejných medzinárodných databánk, ako aj niektoré kľúčové nástroje na identifikáciu mutácií, fylogenetickú analýzu, spracovanie vzoriek a vizualizáciu.

Portál je otvorené laboratórium pre výskumníkov, ktorí chcú experimentovať bez toho, aby museli sťahovať údaje a inštalovať nástroje pre zdieľanie údajov, pracovných postupov a výsledkov. Pomocou cloudovej služby sa už stiahlo niekoľko kolekcií: všetky sekvencie koronavírusu z Čínskeho národného centra pre bioinformatiku (CNCB) – takmer 40 000 sekvencií,  Zbierka 961 2019-NCOV vzoriek z Čínskeho národného centra pre bioinformatiku (CNCB), Referenčný génom SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1, prírastkové číslo NC_045512.2., Zbierka 170 vzoriek SARS-CoV-2 od Genebank a pod. Je možné zostaviť referenčné indexy genómu pre bwa, gatk a bowtie2 pre NC_045512.2 SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1.

Viac informácií o virtuálnej organizácii COVID-19 nájdete na:

https://www.eosc-synergy.eu/covid-19-vo-supporting-research-in-challenging-times/

https://www.eosc-synergy.eu/covid19-galaxy-service-eosc-synergy/

https://www.egi.eu/news/egi-and-eosc-synergy-join-forces-to-tackle-covid-19/
 
V prípade záujmu je Ústav informatiky SAV pripravený pomôcť výskumným pracovníkom na Slovensku pri  využívaniu virtuálnej organizácie COVID-19.

Ladislav Hluchý, ÚI SAV

Foto: archív

Príloha

Portál Galaxy je otvorené laboratórium pre výskumníkov, ktorí chcú experimentovať bez toho, aby si museli sťahovať údaje