Aktívna účasť v boji proti pandémii COVID-19 v priamej reakcii na akútnu spoločenskú potrebu
11. 12. 2022 | videné 169-krát
Pracovníci oddelenia ekológie vírusov sa pod vedením RNDr. Borisa Klempu, DrSc., a s organizačnou podporou vedeckého riaditeľa virologického ústavu MVDr. Juraja Kopáčka, DrSc., od samého začiatku iniciatívne zapojili do boja proti pandémii viacerými aktivitami.
Boli to najmä ďalej uvedené aktivity aplikačného charakteru, z ktorých väčšina bude pokračovať aj v roku 2021:
Boli to najmä ďalej uvedené aktivity aplikačného charakteru, z ktorých väčšina bude pokračovať aj v roku 2021:
-
Rutinné testovanie vzoriek na dôkaz prítomnosti vírusu SARS-CoV-2 pomocou RT-PCR, ktoré vyžadovalo adaptáciu a doplnenie potrebnej infraštruktúry v priestoroch BSL3 laboratória s vysokým stupňom ochrany, logistické a metodické upresnenie procesu testovania, dlhodobo nadštandardne vysoké pracovné nasadenie vedeckých pracovníkov a pracovníčok, ktoré museli zladiť testovacie aktivity s vlastným výskumným programom. Testovanie prebiehalo v koordinácii s Úradom verejného zdravotníctva SR a v kritických obdobiach vysokej incidencie nákazy aj na priame požiadanie klinických pracovísk. Na testovaní sa podieľali najmä pracovníčky Virologického ústavu BMC SAV a od októbra sa do procesu postupne zapojili aj pracovníci Ústavu exprimentálnej onkológie BMC SAV. Kvalitu a spoľahlivosť testovania v BMC SAV potvrdilo aj získanie certifikátu ECDC.
-
Validácia série nových slovenských RT-qPCR testov na detekciu vírusu SARS-CoV-2 v spolupráci so spoločnosťou MultiplexDX, s. r. o., ktorá viedla k ich CE certifikácii v ŠÚKL a k zavedeniu do praxe. Vývoj a validácia prvého testu vDETECT sa realizovala v gescii spoločnosti ESET, s. r. o., v spolupráci viacerých partnerov (pozri obrázok nižšie).
-
Izolácie vírusu SARS-CoV-2 zo vzoriek slovenských pacientov s ochorením COVID-19, určenie ich genomickej sekvencie s následným vložením dát do globálnej databázy GISAID EpiCoV (do konca roka 2020 to bolo 34 sekvencií). Táto aktivita prebiehala v spolupráci s Klinikou infektológie a geografickej medicíny Lekárskej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave a Univerzitnej nemocnice Bratislava, Prírodovedeckou fakultou a Fakultou matematiky, fyziky a informatiky Univerzity Komenského v Bratislave. Zároveň sa izolácie vírusu realizovali na účel vylúčenia infekčnosti u dlhodobo hospitalizovaných pacientov, ktorí vykazovali pretrvávajúcu PCR pozitivitu (v spolupráci s rôznymi klinickými pracoviskami, najmä s Klinikou infektológie a geografickej medicíny Lekárskej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave a Univerzitnej nemocnice Bratislava).
-
Izolácia genomickej RNA vírusu SARS-CoV-2, ktorá bola spolu s vírusovými izolátmi vložená do biobanky Európskeho vírusového archívu EVA GLOBAL, ktorého je Virologický ústav BMC SAV zakladajúcim partnerom. Vírusová RNA je aj súčasťou slovenských RT-qPCR testov na detekciu vírusu SARS-CoV-2 ako pozitívna kontrola. Vírus a RNA boli tiež poskytnuté ako kontroly zahraničným firmám, ktoré vyvíjajú vakcíny proti COVID-19.
-
Zavedenie a validácia testu na dôkaz vírus neutralizačných protilátok u osôb, ktoré prekonali infekciu a ochorenie COVID-19, a tiež na analýzu vírus neutralizačnej aktivity experimentálnych protilátok v spolupráci so spoločnosťou AXON Neuroscience R&D a s Klinikou infektológie a geografickej medicíny Lekárskej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave a Univerzitnej nemocnice Bratislava.
-
Overovanie ELISA a antigénových testov rôznych zahraničných výrobcov v spolupráci s Klinikou infektológie a geografickej medicíny Lekárskej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave a Univerzitnej nemocnice Bratislava.
-
Experimentálne využitie nového spôsobu odberov vzoriek na detekciu vírusu SARS-CoV-2 pomocou kloktania. Ide o neinvazívnu metódu odberov, ktorá nevyžaduje prítomnosť zdravotníckeho personálu a pomocou RT-qPCR umožňuje spoľahlivú detekciu vírusu dokonca aj v prípade spojenia viacerých vzoriek. BMC SAV experimentálne využíva tento spôsob odberu pri RT-qPCR testovaní svojich zamestnancov a pri testovaní hercov a sprievodného personálu SND, ktorým tým pomáha realizovať aspoň bazálne umelecké aktivity. Odbery výterom na porovnanie s odbermi kloktaním, prípadne na antigénové testy, robili pracovníci ÚKTV z Výskumnej kliniky BMC SAV.
-
Medzinárodná validácia odberov kloktaním v spolupráci s Viedenským ústavom molekulárnej patológie Viedenskej lekárskej univerzity a Klinikou infektológie a geografickej medicíny Univerzitnej nemocnice Bratislava s následným testovaním pomocou metód RT- qPCR a LAMP s izoláciou aj bez izolácie RNA, ktorej pokračovanie bude prebiehať aj v roku 2021.
-
Pilotné overenie možnosti využitia odberov kloktaním na hromadné testovanie škôl. Spoľahlivosť týchto odberov bola potvrdená pri testovaní dvoch škôl v rámci aktivity organizovanej Ministerstvom zdravotníctva SR, Ministerstvom školstva, vedy, výskumu a športu SR, Klinikou infektológie a geografickej medicíny Univerzitnej nemocnice Bratislava, Biomedicínskym centrom SAV a príspevkovou organizáciou MZ SR Zdravé regióny, keď bolo týmto spôsobom vyšetrených viac ako 900 vzoriek. V pilotnom testovaní boli použité vzorky zlúčené podľa tried a aj v týchto zlúčených vzorkách boli pomocou RT-qPCR zistené infikované osoby s citlivosťou vyššou, než ukázali individuálne antigénové testy tých istých účastníkov testovania. Vyšetrenie kloktacích odberov pomocou RT-qPCR dokáže aj pri zlúčení vzoriek spoľahlivo identifikovať osoby s vysokou vírusovou náložou.
-
Testovanie antivírusových vlastností rôznych materiálov.
-
ALM, Erik – BROBERG, Eeva – CONNOR, Thomas – HODCROFT, Emma B. – KOMISSAROV, Andrey B. – MAURER-STROH, Sebastian – MELIDOU, Angeliki – NEHER, Richard A. – TOOLE, Aine O – PEREYASLOV, Dmitriy – THE WHO EUROPEAN REGION SEQUENCING LABORATORIES, Investigator group – GISAID EPICOV GROUP, Investigator group – SLÁVIKOVÁ, Monika – LIČKOVÁ, Martina – KLEMPA, Boris. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. In Eurosurveillance, 2020, vol. 25, no. 32, p. 7-14. (2019: 6.454 – IF, Q1 – JCR, 3.014 – SJR, Q1 – SJR). ISSN 1560-7917. Dostupné na: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410.