Aktuality

Prezentácia ddPCR - vysokoúčinnej a spoľahlivej metódy diagnostikovania SARS-CoV-2

3.8.2020, otvorené 358-krát

 

V stredu 22. júla 2020 sa v Chemickom ústave SAV (CHÚ SAV) uskutočnil demonštračný seminár o špeciálnej laboratórnej technike "Droplet Digital Polymerase Chain Reaction" (ddPCR) pre pracovníkov z akademických ústavov a fakúlt (LF UK, Bratislava; Jesseniova LF UK, Martin), Regionálneho úradu verejného zdravotníctva SR (RÚVZ hl. m. SR Bratislava) a Výskumného ústavu vodného hospodárstva (VÚVH, Bratislava). Seminár bol zameraný na aktuálnu tému identifikácie vírusových častíc v životnom prostredí a perspektívy diagnostického potenciálu.

Seminár bol pokračovaním doterajšej úspešnej spolupráce CHÚ SAV, RÚVZ SR a spoločnosti Labo – SK, s.r.o. v diagnostikovaní ochorenia COVID-19. Rýchla identifikácia jednotlivcov infikovaných vírusom SARS-CoV-2 napomáha implementácii opatrení na kontrolu šírenia pandémie COVID-19 (samotná karanténa, sledovanie kontaktov, atď.). Výsledky testov však nie sú vždy spoľahlivé, pretože výtery z nazofaryngálnej oblasti sú v podstate komplexné vzorky s nízkym množstvom vírusu prítomného pri skorej infekcii.

Quantitative Real-Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR) sa považuje za "zlatý štandard" v diagnostike infekcie spôsobujúcej ochorenie COVID-19. V niektorých prípadoch (skoré štádium infekcie, prípadne pacient tesne pred vyliečením) však môžu (z dôvodov nízkej koncentrácie vírusových častíc v respiračnom trakte) byť odobraté vzorky diagnostikované ako falošne negatívne. Z tohto dôvodu sa pracuje na využití nových metodík, ktorými je možné prekonať limity detekcie pomocou RT-qPCR prístupu.

Diagnostika pomocou metódy ddPCR na prístrojoch od spoločnosti Bio-Rad Laboratories, Inc., ktorá je výrazne citlivejšia ako qPCR, predstavuje nielen vysoký diagnostický potenciál, ale je aj vysoko spoľahlivá pri monitorovaní stavu ochorenia COVID-19. Metóda ddPCR sa v súčasnosti preferuje v detekcii prítomnosti SARS-CoV-2 v odpadových vodách a aerosóle, čo je aktuálnou témou na spoluprácu so štátnymi laboratóriami, ktoré monitorujú životné prostredie (napr. ÚVZ SR, VÚVH).

Analýzu vzorky na prístroji QX200 Droplet Digital PCR System (ktorý má vo svojom prístrojovom portfóliu CHÚ SAV) názorne prezentoval Petar Podlesiy, PhD., špecialista zo spoločnosti Bio-Rad Laboratories.

 

Text: Ján Mucha, Mária Šedivá, Miroslav Koóš, Chemický ústav SAV, Centrum glykomiky

Príloha

Kompletná zostava prístroja QX200 Droplet Digital PCR System
Príloha

Dr. Petar Podlesiy počas prezentácie laboratórnej techniky ddPCR