Aktuality

Účasť Chemického ústavu SAV na výskume nového lieku Parmodia®

Vložil(a): A. Nozdrovická, 8.2.2019, videné 276-krát

Akademická spolupráca medzi japonskou farmaceutickou spoločnosťou Kowa Co., Ltd., University of Tsukuba (Faculty of Medicine a Center for Computational Sciences) a Rikkyo University (Department of Chemistry) mala zástupcu aj zo SAV. Dr. Vladimír Sládek z Chemického ústavu SAV sa ako postdoktorand v skupine Prof. Tokiwu na Rikkyo University, Tokyo v období rokov 2016 – 2018 aktívne podieľal na identifikácii mechanizmu účinku liečiva Parmodia® v rámci riešenia projektu AMED-CREST (2016 – 2020).

Vývoj a testovanie lieku zabezpečovali najmä firma Kowa a Faculty of Medicine. Pre úspešnú registráciu a sprístupnenie liečiva do klinickej praxe však bolo nevyhnutné predložiť aj model molekulového mechanizmu jeho účinku. Interpretáciu mechanizmu nebolo možné získať použitím experimentálnych techník ako napr. X-ray, keďže kryštalizácia komplexu cieľového proteínu s naviazaným ligandom nebola doteraz úspešná. Preto bola teoretická skupina okolo prof. Tokiwu oslovená s úlohou poskytnúť hlbší pohľad na štukúru a spôsob väzby tohto komplexu.

Úlohou teoretickej skupiny bolo zostrojiť väzobný model Pemafibrate (účinná látka v Parmodia®) v proteíne PPARα a tým vysvetliť špecificitu Pemafibrate. Použitím techník teoretickej/počítačovej chémie bol vytvorený štruktúrny model pomocou molekulového dokovania s následným spresnením geometrie väzobného miesta použitím multiškálového modelu, využívajúceho presné výpočty kvantovej chémie a atomistický model molekulovej mechaniky, tzv. QM/MM. Samotná analýza párových interakcií medzi liekom (ligandom) a jednotlivými aminokyselinami vo väzobnom mieste bola pojednaná na kvantovo-mechanickej úrovni. Zahrnutie efektu elektrostatického poľa na jednotlivé párové interakcie a správna polarizácia aminokyselín je v takýchto úlohách kľúčová. Z toho dôvodu sa na tento účel použila moderná technika FMO (Fragment Molecular Orbital), ktorá zohľadňuje oba faktory. Podľa dostupných informácií išlo o prvé použitie tejto metodiky na charakterizáciu klinicky dostupného liečiva.

V nadväznosti na dosiahnuté výsledky sa v súčasnosti pokračuje v charakterizácii väzby koaktivátora PGC-1α na povrchu PPARα. V tomto smere sa efektívnym ukazuje použitie originálneho softvéru ProGA, vyvinutého na Chemickom ústave SAV. ProGA pracuje s modelom proteínových sietí na základe interakčnej mapy proteínu, Pair Interaction Energy – Protein Residue Network (PIE-PRN).

Pemafibrate je v súčasnosti dostupný v Japonsku na klinickú liečbu hyperlipidémie a dyslipidémie ako 0.1 mg tableta pod komerčným názvom Parmodia®. Uvedenie na európsky a severoamerický trh bude možné po dokončení schvaľovacieho procesu, ktorý je v súčasnosti v závere tretej fázy.

Miroslav Koóš

Foto: Chemický ústav SAV

Príloha

Chemický ústav SAV sa podieľa na výskume nového lieku Parmodia®.
Príloha

Schvaľovací proces je v závere tretej fázy.