Čo ponúkame - Najlepšie výsledky

Sekvenovanie SARS-CoV-2 variantov prinieslo nielen významnú pomoc pri riešení prebiehajúcej pandémie COVID-19 pre zainteresované vládne orgány, ale aj dôležité vedecké výsledky. Náš tím sa začal podieľať na sekvenovaní pomocou technológie Oxford nanopore už v lete 2020. Začiatkom roka 2021 sa stal na Slovensku absolútne dominantným variant B.1.1.7. Tento variant, medzitým nazvaný ako alfa variant, bol podľa WHO zaradený do skupiny variantov vyvolávajúcich znepokojenie z dôvodu zvyšujúcej sa infekčnosti, úmrtnosti a neistoty o efektivite vakcín. Na základe toho vznikla požiadavka na vytvorenie citlivého diagnostického RT-qPCR testu. V spolupráci so spoločnosťou MultiplexDX bol vyvinutý a overený nový test RT-qPCR rTEST COVID-19 qPCR B.1.1.7 kit. Jeho vhodnosť bola testovaná aj počas celoštátnych testovaní na 6 886 pozitívnych vzorkách. Vďaka využitiu tohto testu bola odhalená 82-percentná prevalencia alfa variantu. Počas roka sme potom detekovali aj varianty beta, delta a naposledy aj omikron. Okrem toho sme pokračovali aj v izolačných pokusoch pre získavanie nových vírusových izolátov vkladaných do vírusového archívu, ako aj vo forme testov infekčnosti pre potreby klinických pracovísk.

Počas roku 2021 bolo na Virologickom ústave BMC SAV zavedené testovanie hladiny protilátok voči vírusu SARS-CoV-2 v suchej kapilárnej krvi získanej odberom z prsta. Predchádzalo tomu niekoľko krokov: porovnanie dostupných testov od viacerých výrobcov, interná validácia vybraného ELISA testu, testovanie hladín protilátok vo vzorkách sér a plaziem, matematická analýza získavaných semikvantitatívnych výsledkov a kinetiky tvorby protilátok po vakcinácii, zavedenie vlastnej metodiky na odber a prvotné spracovanie vzoriek suchej krvi, ako aj vzájomné porovnanie výsledkov získaných zo sér a suchej krvi. Od zavedenia tejto metódy sa ju podarilo využiť vo viacerých rozsiahlych séroepidemiologických štúdiách. Prvou z nich bola štúdia zameraná na sledovanie hladiny protilátok voči S proteínu vírusu SARS-CoV-2 u zamestnancov SAV. Do štúdie sa v dvoch kolách dobrovoľne zapojilo viac ako 1900 účastníkov a jej výsledky boli publikované v časopise Acta Virologica. Štúdia jasne potvrdila, že hladina protilátok po prekonaní ochorenia je preukazne nižšia ako po plnom zaočkovaní a že očkovanie aj po prekonaní ochorenia prináša významný benefit vo forme vysokých hladín protilátok (pozri obrázok). Ďalšia štúdia prebehla v gescii Ministerstva zdravotníctva SR v spolupráci s viacerými fakultami Univerzity Komenského a Lekárskou fakultou Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach. Výsledky analýzy takmer 4000 vzoriek neočkovaných účastníkov štúdie uskutočnenej v BMC SAV (v. v. i.), dopomohli získať predstavu o aktuálnej séroepidemiologickej situácii v jednotlivých regiónoch na území Slovenska.

 

• BREJOVÁ, Broňa – BORŠOVÁ, Kristína – HODOROVÁ, Viktória – ČABANOVÁ, Viktória – GAFUROV, Askar – FRIČOVÁ, Dominika – VINAŘ, Tomáš – KLEMPA, Boris – NOSEK, Jozef. Nanopore Sequencing of SARS-CoV-2: Comparison of Short and Long PCR-tiling Amplicon Protocols. In PLoS ONE, 2021, vol. 16, iss. 10, art. no. e0259277. (2020: 3.240 - IF, Q2 - JCR, 0.990 - SJR, Q1 - SJR). ISSN 1932-6203. Dostupné na: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0259277
• BORŠOVÁ, Kristína – PAUL, D. – KOVÁČOVÁ, Viera – RADVÁNSZKA, Monika – HAJDU, Roman – ČABANOVÁ, Viktória – SLÁVIKOVÁ, Monika – LIČKOVÁ, Martina – LUKÁČIKOVÁ, Ľubomíra – BELÁK, Andrej – ROUSSIER, Lucia – KOSTIČOVÁ, Michaela – LÍŠKOVÁ, A. – MAĎAROVÁ, L. – ŠTEFKOVIČOVÁ, Mária – REIZIGOVÁ, Lenka – NOVÁKOVÁ, Elena – SABAKA, P. – KOŠČÁLOVÁ, Alena – BREJOVÁ, Broňa – STAROŇOVÁ, Edita – MIŠÍK, Matej – VINAŘ, Tomáš – NOSEK, Jozef – ČEKAN, Pavol – KLEMPA, Boris. Surveillance of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in Slovakia using a novel, multiplexed RT-qPCR assay. In Scientific Reports, 2021, vol. 11, no. 1, art. no. 20494. (2020: 4.380 - IF, Q1 - JCR, 1.240 - SJR, Q1 - SJR, karentované - CCC). (2021 - Current Contents, WOS, SCOPUS). ISSN 2045-2322. Dostupné na: https://doi.org/10.1038/s41598- 021-99661-7
• BREJOVÁ, Broňa – BORŠOVÁ, Kristína – HODOROVÁ, Viktória – ČABANOVÁ, Viktória – REIZIGOVÁ, Lenka – PAUL, D. – ČEKAN, Pavol – KLEMPA, Boris – NOSEK, Jozef – VINAŘ, Tomáš. A SARS-CoV-2 mutant from B.1.258 lineage with ΔH69/ΔV70 deletion in the Spike protein circulating in Central Europe in the fall 2020. In Virus Genes, 2021, vol. 57, no. 6, p. 556–560. (2020: 2.332 - IF, Q3 - JCR, 0.642 - SJR, Q2 - SJR, karentované - CCC). (2021 – Current Contents). ISSN 0920-8569. Dostupné na: https://doi.org/10.1007/s11262-021- 01866-5
• KAJANOVÁ, Ivana – LUKÁČIKOVÁ, Ľubomíra – JELENSKÁ, Lenka – GROSSMANOVÁ, Katarína – RÁDIKOVÁ, Žofia – VLČEK, Miroslav – KLEMPA, Boris – KOLLÁR, Richard – BODOVÁ, Katarína – KOPÁČEK, Juraj – PASTOREKOVÁ, Silvia. Seroprevalence of SARS-CoV-2 IgG antibodies in the staff of the Slovak Academy of Sciences in response to COVID-19 and/or vaccination: situation in August 2021. In Acta Virologica, 2021, vol. 65, no. 4, p. 420-432. (2020: 1.162 - IF, Q4 - JCR, 0.412 - SJR, Q3 - SJR, karentované - CCC). (2021 – Current Contents). ISSN 0001- 723X. Dostupné na: https://doi.org/10.1038/s42255-021-00489-2