Pravidelné sekvenovanie pomôže zvládnuť pandémiu
Vedci z Univerzity Komenského (UK) v Bratislave a Biomedicínskeho centra Slovenskej akadémie vied (SAV) chcú týždenne sekvenovať 500 vzoriek pozitívnych na nový koronavírus. V súčasnosti upravujú laboratórne postupy tak, aby zvýšili kapacitu sekvenovania a znížili náklady na spracovanie vzoriek. TASR o tom informovala hovorkyňa UK Lenka Miller.
Výskumné skupiny biochemikov, molekulárnych biológov a bioinformatikov z UK a virológov zo SAV sa rok zaoberajú sekvenovaním genómov vírusu SARS-CoV-2. Pri sekvenovaní genómu ide o určenie poradia písmen v reťazci DNA. Na základe tohto procesu vedci pozorujú zmeny v genóme vírusu. Genóm vírusu sa postupne mení rýchlosťou približne dve mutácie za mesiac a tieto mutácie ovplyvňujú jeho vlastnosti. Zmeny v sekvencii môžu negatívne ovplyvniť aj používané diagnostické metódy, napríklad PCR alebo antigénne testy.
Monitoring mutácií pomáha zistiť, kedy a ako je potrebné upraviť diagnostické postupy, aby boli testy schopné zachytiť aj jedincov infikovaných rôznymi variantmi vírusu a včas ich izolovať v karanténe. „Ak by sme to nerobili, časom by sa vírus mohol zmeniť do takej miery, že by sme už nevedeli identifikovať infikovaných jedincov pomocou testov, ktoré používame v súčasnosti. To by viedlo k podstatne rýchlejšiemu šíreniu vírusu, a tým aj k vyššiemu počtu úmrtí," vysvetlil biochemik Jozef Nosek z Prírodovedeckej fakulty UK.
Vedci identifikovali na Slovensku viacero línií vírusu. Išlo nielen o český, britský či juhoafrický variant, ale aj rôzne ďalšie kmene. To, do akej skupiny patria jednotlivé osekvenované vzorky, je pomerne jednoduché určiť. „Každý z týchto variantov má totiž špecifické mutácie na určitých miestach a stačí sa pozrieť, či sú tieto mutácie vo vzorke prítomné. Genómové sekvencie vírusu potom odosielame do medzinárodnej databázy GISAID," priblížila bioinformatička Broňa Brejová z Fakulty matematiky, fyziky a informatiky UK.
Sekvencie vzoriek vírusu umožňujú zistiť nielen to, kde daný variant vznikol, ale aj to, ako sa šíri do rôznych častí sveta. Kým pred Vianocami 2020 na Slovensku prevládal český variant, na začiatku marca tvoril britský kmeň 90 percent na celom Slovensku. Na základe výskumu britského variantu vírusu v spolupráci s tímom Borisa Klempu zo SAV sa vedci v januári podieľali na validácii testu na britský variant, ktorý vyvinula firma Pavla Čekana MultiplexDX.
Keďže vírus mutuje neustále, naďalej sa budú objavovať jeho nové varianty. „Aj preto je potrebné zaočkovať väčšinu populácie. A čím skôr to urobíme, tým menej času a príležitostí dáme vírusu, aby zmutoval do nových, nebezpečnejších foriem," dodal Nosek.
Text: TASR
Foto: Martin Bystriansky