Keď je práca viac ako iba zamestnanie
22. 12. 2004 | videné 2834-krát
Hovoríme s RNDr. Jánom Kormancom, DrSc., vedcom roka 2004.
Ocenili vás za objav systému pre identifikáciu génov, ktorých expresia je riadená určitými sigma-faktormi RNA polymerázy, ako aj za jeho zavedenie pre identifikáciu týchto génov. Mohli by ste neodborníkov v zrozumiteľnejšom jazyku zasvätiť do tajov tohto objavu?
- Aby som mohol lepšie vysvetliť podstatu našej práce, musím ísť trochu do minulosti. Od etablovania našej skupiny v roku 1990 a jej nedávnej transformácie sa zaoberáme štúdiom regulácie génovej expresie, a to najmä jej prvého kroku na úrovni prepisu genetickej informácie z DNA do RNA. Jedným z nosných projektov nášho výskumu je pochopiť mechanizmy regulácie bunkovej diferenciácie ako jedného z prejavov života buniek s cieľom ich funkčnej špecializácie, a to na úrovni regulácie prepisu genetickej informácie. Ako model na štúdium procesu bunkovej diferenciácie sme si vybrali výnimočný životný cyklus baktérií rodu Streptomyces. K atraktívnosti tohto modelu prispieva aj ich ďalšia významná vlastnosť – produkcia značného množstva antibiotík (produkujú viac než 70 % známych antibiotík). Tá je aj regulačne úzko spätá s morfologickou diferenciáciou. Podstatou práce, za ktorú sme dostali aj toto ocenenie, je využitie tohto účinného systému na identifikáciu génov dôležitých v patogenicite niektorých patogénnych baktérií. Niektoré sigma faktory vlastne riadia celé súbory génov potrebných na patogenicitu príslušnej baktérie, a to najmä na obranu proti stresovým podmienkam, ktorými sa hostiteľ prostredníctvom svojho imunitného systému bráni počas celého procesu infekcie. Ako prvý modelový organizmus sme použili oportunistický patogén Staphylococcus aureus. Ten spôsobuje vážne, najmä nemocničné infekcie, a to najmä z dôvodu jeho širokospektrálnej rezistencie na mnohé antibiotiká. V ňom bol identifikovaný sigma faktor SigB a bola preukázaná jeho úloha v patogenicite stafylokokov. Nám sa podarilo optimalizovať náš dvojvektorový systém na identifikáciu génov závislých na tomto sigma faktore a následne sme identifikovali celý súbor génov, z ktorých mnohé hrajú dôležitú úlohu vo virulencii a patogenicite Staphylococcus aureus. Obdobne sa nám podarilo zaviesť a optimalizovať tento systém aj na identifikáciu génov dôležitých v patogenicite jedného z najlepšie preštudovaných patogénov, Salmonella typhimurium. Zástupcovia rodu Salmonella sú klinicky veľmi dôležité vnútrobunkové patogény, zodpovedné za značnú diverzitu ochorení u širokého spektra hostiteľov, vrátane človeka, počnúc miernymi gastroenteritídami a končiac vážnymi systemickými infekciami a tyfoidnou horúčkou. Tieto infekcie sú spôsobené ich schopnosťou prežívať v obranných bunkách človeka, pričom jedným z regulačných faktorov, dôležitých v tomto obrannom mechanizme umožňujúcom ich prežívanie v nehostinnom stresovom prostredí, je sigma faktor RpoE. V súčasnosti sa obdobne snažíme identifikovať gény závislé od RpoE, ktoré sú dôležité v patogenicite salmonel. Tento systém na identifikáciu génov dôležitých v patogenicite sa ukázal ako veľmi účinný aj pre aplikáciu pri iných patogénnych baktériách, napríklad pri pôvodcovi tuberkulózy Mycobacterium tuberculosis, kde sa v súčasnosti podobne snažíme identifikovať gény závislé od sigma faktora SigF, ktoré sú dôležité v patogenicite mykobaktérií.
Váš kolega Dr. Barák je skeptický, čo sa týka rýchleho využitia objavu biočipov na skorú detekciu patogénnych baktérií v našej praxi – objavu pochádzajúceho mimochodom takisto z Ústavu molekulárnej biológie. Ako je to vo vašom prípade?
- Chápem netrpezlivosť laickej verejnosti, ktorá by z každého vedeckého výsledku chcela vidieť okamžitý efekt, či už ekonomický, medicínsky alebo v inej oblasti. Samozrejme, to je snom aj každého vedca. Musím však zdôrazniť, že náš projekt je súčasťou základného výskumu. Z toho, čo som doteraz povedal, je zrejmé, že náš výskum je zatiaľ iba v počiatkoch. Pochopiteľne, dosiahnuté výsledky môžu mať v budúcnosti aj praktické využitie v prevencii a liečbe infekcií. Identifikované gény môžu poslúžiť pri príprave bezpečných a účinných vakcín, rovnako môžu poslúžiť ako miesta pôsobenia budúcich potenciálnych terapeutík na účinnú liečbu týchto ochorení, a to pri príprave farmák inhibujúcich aktivity produktov takýchto génov, ktoré sú esenciálne pre prežívanie patogénu v stresovom prostredí svojho hostiteľa. Toto je však už parketa pre iné vedecké tímy, ktoré sa zaoberajú aplikáciou takýchto poznatkov či už vo farmaceutickom priemysle, alebo priamo v klinickej praxi. Samozrejme, aj my by sme sa radi podieľali aj na takomto aplikovanom výskume, ale to je skôr otázka budúcnosti.
Pri príležitosti udeľovania pocty Vedec roka 2004 ste sa vyslovili, že robiť vedu na Slovensku, porovnateľnú s tou vo vyspelých krajinách Európy či sveta, je malým zázrakom. Aké je teda podľa vás postavenie vedca na Slovensku?
- Začal by som najskôr tým mojím, pre niekoho azda dosť kategorickým vyjadrením. Môžem pritom hovoriť iba za našu oblasť výskumu, teda molekulárnu biológiu. Je to oblasť, ktorá v posledných desaťročiach prežíva úžasný boom najmä pre svoj potenciál v praktickej aplikácii či už v medicíne, poľnohospodárstve alebo potravinárskom priemysle. Je to zároveň oblasť finančne značne náročná; veľmi dobre o tom vedia všetci tí vedci, ktorí používajú experimentálne prístupy aj v iných sférach výskumu. Preto je vo svete táto oblasť vedy značne finančne dotovaná, a to najmä zo strany súkromného sektora, keďže – ako som už spomínal – prináša nielen nové poznatky, ale aj ich ekonomické zhodnotenie, čo veľmi dobre vedia najmä silné svetové farmaceutické spoločnosti. Finančnému zázemiu potom zodpovedajú aj výsledky špičkových laboratórií vo svete. A to už samozrejme nehovorím o notoricky známom fakte: o rozdielnej podpore vedy zo strany štátneho rozpočtu, teda o percente HDP určenom na vedu, ako sa praktizuje na jednej strane vo svete, na druhej strane na Slovensku. Presadiť sa vo svetovej konkurencii je skutočne malým zázrakom. Ale aby som nebol až príliš skeptický, musím povedať, že aj v našich podmienkach sa dá aspoň čiastočne prekonávať finančný hendikep, a to najmä vďaka usilovnosti, schopnosti prekonávať prekážky, ako aj dávky šťastia pri výbere projektu. Aspoň do istej miery dokážeme ponúknuť výsledky, o ktoré je záujem aj v zahraničí. Veľmi dôležitým predpokladom je však aj začlenenie sa do medzinárodnej spolupráce, bez ktorej by to bolo ťažko možné.
Všetci dobre vieme, že veda je u nás značne podfinancovaná, o čom svedčí jedno z najnižších percent HDP vynakladaných na vedu v rámci krajín EÚ. Nemyslím si však, že by sme boli nejakou výnimkou v porovnaní s inými skupinami pracovníkov tretieho sektora, či už učiteľov alebo lekárov, závislých iba od štátneho rozpočtu. Faktom je, že všade vo svete vedci nepracujú prioritne s cieľom rýchleho zbohatnutia, aj keď ich finančné ohodnotenie v porovnaní s platmi vedcov u nás je neporovnateľné. Rovnako ako aj u iných skupín pracovníkov rozpočtových organizácií, aj vo vedeckej sfére všetci určite pociťujeme nedostatočné finančné ohodnotenie našej práce. Najvypuklejšie je to najmä v prípade mladých vedeckých pracovníkov, preto sa nemôžeme čudovať, že nám hrozí únik mozgov do zahraničia, čo je pre slovenskú vedu v súčasnosti jeden z najväčších problémov. Musím však povedať, že nedocenenie, ktoré sa nám od spoločnosti dostáva, je čiastočne kompenzované našou vnútornou slobodou pri objavovaní prírodných zákonitostí, ako aj tým, že práca je pre nás viac ako iba povolaním. Pre skutočného vedca je to na nezaplatenie, hoci aj na nás doliehajú finančné problémy, ktoré trápia celú spoločnosť. Značnú časť svojho času potom musíme tráviť vypisovaním grantov a neustálym hľadaním finančného zabezpečenia našich projektov.
Celý rozhovor – o rozdielnych pracovných podmienkach vedcov doma, v zahraničí a o tom, čo treba voči tomu podniknúť – si môžete prečítať v Správach SAV číslo 1/2005.
Pripravil Emil Borčin
Ocenili vás za objav systému pre identifikáciu génov, ktorých expresia je riadená určitými sigma-faktormi RNA polymerázy, ako aj za jeho zavedenie pre identifikáciu týchto génov. Mohli by ste neodborníkov v zrozumiteľnejšom jazyku zasvätiť do tajov tohto objavu?
- Aby som mohol lepšie vysvetliť podstatu našej práce, musím ísť trochu do minulosti. Od etablovania našej skupiny v roku 1990 a jej nedávnej transformácie sa zaoberáme štúdiom regulácie génovej expresie, a to najmä jej prvého kroku na úrovni prepisu genetickej informácie z DNA do RNA. Jedným z nosných projektov nášho výskumu je pochopiť mechanizmy regulácie bunkovej diferenciácie ako jedného z prejavov života buniek s cieľom ich funkčnej špecializácie, a to na úrovni regulácie prepisu genetickej informácie. Ako model na štúdium procesu bunkovej diferenciácie sme si vybrali výnimočný životný cyklus baktérií rodu Streptomyces. K atraktívnosti tohto modelu prispieva aj ich ďalšia významná vlastnosť – produkcia značného množstva antibiotík (produkujú viac než 70 % známych antibiotík). Tá je aj regulačne úzko spätá s morfologickou diferenciáciou. Podstatou práce, za ktorú sme dostali aj toto ocenenie, je využitie tohto účinného systému na identifikáciu génov dôležitých v patogenicite niektorých patogénnych baktérií. Niektoré sigma faktory vlastne riadia celé súbory génov potrebných na patogenicitu príslušnej baktérie, a to najmä na obranu proti stresovým podmienkam, ktorými sa hostiteľ prostredníctvom svojho imunitného systému bráni počas celého procesu infekcie. Ako prvý modelový organizmus sme použili oportunistický patogén Staphylococcus aureus. Ten spôsobuje vážne, najmä nemocničné infekcie, a to najmä z dôvodu jeho širokospektrálnej rezistencie na mnohé antibiotiká. V ňom bol identifikovaný sigma faktor SigB a bola preukázaná jeho úloha v patogenicite stafylokokov. Nám sa podarilo optimalizovať náš dvojvektorový systém na identifikáciu génov závislých na tomto sigma faktore a následne sme identifikovali celý súbor génov, z ktorých mnohé hrajú dôležitú úlohu vo virulencii a patogenicite Staphylococcus aureus. Obdobne sa nám podarilo zaviesť a optimalizovať tento systém aj na identifikáciu génov dôležitých v patogenicite jedného z najlepšie preštudovaných patogénov, Salmonella typhimurium. Zástupcovia rodu Salmonella sú klinicky veľmi dôležité vnútrobunkové patogény, zodpovedné za značnú diverzitu ochorení u širokého spektra hostiteľov, vrátane človeka, počnúc miernymi gastroenteritídami a končiac vážnymi systemickými infekciami a tyfoidnou horúčkou. Tieto infekcie sú spôsobené ich schopnosťou prežívať v obranných bunkách človeka, pričom jedným z regulačných faktorov, dôležitých v tomto obrannom mechanizme umožňujúcom ich prežívanie v nehostinnom stresovom prostredí, je sigma faktor RpoE. V súčasnosti sa obdobne snažíme identifikovať gény závislé od RpoE, ktoré sú dôležité v patogenicite salmonel. Tento systém na identifikáciu génov dôležitých v patogenicite sa ukázal ako veľmi účinný aj pre aplikáciu pri iných patogénnych baktériách, napríklad pri pôvodcovi tuberkulózy Mycobacterium tuberculosis, kde sa v súčasnosti podobne snažíme identifikovať gény závislé od sigma faktora SigF, ktoré sú dôležité v patogenicite mykobaktérií.
Váš kolega Dr. Barák je skeptický, čo sa týka rýchleho využitia objavu biočipov na skorú detekciu patogénnych baktérií v našej praxi – objavu pochádzajúceho mimochodom takisto z Ústavu molekulárnej biológie. Ako je to vo vašom prípade?
- Chápem netrpezlivosť laickej verejnosti, ktorá by z každého vedeckého výsledku chcela vidieť okamžitý efekt, či už ekonomický, medicínsky alebo v inej oblasti. Samozrejme, to je snom aj každého vedca. Musím však zdôrazniť, že náš projekt je súčasťou základného výskumu. Z toho, čo som doteraz povedal, je zrejmé, že náš výskum je zatiaľ iba v počiatkoch. Pochopiteľne, dosiahnuté výsledky môžu mať v budúcnosti aj praktické využitie v prevencii a liečbe infekcií. Identifikované gény môžu poslúžiť pri príprave bezpečných a účinných vakcín, rovnako môžu poslúžiť ako miesta pôsobenia budúcich potenciálnych terapeutík na účinnú liečbu týchto ochorení, a to pri príprave farmák inhibujúcich aktivity produktov takýchto génov, ktoré sú esenciálne pre prežívanie patogénu v stresovom prostredí svojho hostiteľa. Toto je však už parketa pre iné vedecké tímy, ktoré sa zaoberajú aplikáciou takýchto poznatkov či už vo farmaceutickom priemysle, alebo priamo v klinickej praxi. Samozrejme, aj my by sme sa radi podieľali aj na takomto aplikovanom výskume, ale to je skôr otázka budúcnosti.
Pri príležitosti udeľovania pocty Vedec roka 2004 ste sa vyslovili, že robiť vedu na Slovensku, porovnateľnú s tou vo vyspelých krajinách Európy či sveta, je malým zázrakom. Aké je teda podľa vás postavenie vedca na Slovensku?
- Začal by som najskôr tým mojím, pre niekoho azda dosť kategorickým vyjadrením. Môžem pritom hovoriť iba za našu oblasť výskumu, teda molekulárnu biológiu. Je to oblasť, ktorá v posledných desaťročiach prežíva úžasný boom najmä pre svoj potenciál v praktickej aplikácii či už v medicíne, poľnohospodárstve alebo potravinárskom priemysle. Je to zároveň oblasť finančne značne náročná; veľmi dobre o tom vedia všetci tí vedci, ktorí používajú experimentálne prístupy aj v iných sférach výskumu. Preto je vo svete táto oblasť vedy značne finančne dotovaná, a to najmä zo strany súkromného sektora, keďže – ako som už spomínal – prináša nielen nové poznatky, ale aj ich ekonomické zhodnotenie, čo veľmi dobre vedia najmä silné svetové farmaceutické spoločnosti. Finančnému zázemiu potom zodpovedajú aj výsledky špičkových laboratórií vo svete. A to už samozrejme nehovorím o notoricky známom fakte: o rozdielnej podpore vedy zo strany štátneho rozpočtu, teda o percente HDP určenom na vedu, ako sa praktizuje na jednej strane vo svete, na druhej strane na Slovensku. Presadiť sa vo svetovej konkurencii je skutočne malým zázrakom. Ale aby som nebol až príliš skeptický, musím povedať, že aj v našich podmienkach sa dá aspoň čiastočne prekonávať finančný hendikep, a to najmä vďaka usilovnosti, schopnosti prekonávať prekážky, ako aj dávky šťastia pri výbere projektu. Aspoň do istej miery dokážeme ponúknuť výsledky, o ktoré je záujem aj v zahraničí. Veľmi dôležitým predpokladom je však aj začlenenie sa do medzinárodnej spolupráce, bez ktorej by to bolo ťažko možné.
Všetci dobre vieme, že veda je u nás značne podfinancovaná, o čom svedčí jedno z najnižších percent HDP vynakladaných na vedu v rámci krajín EÚ. Nemyslím si však, že by sme boli nejakou výnimkou v porovnaní s inými skupinami pracovníkov tretieho sektora, či už učiteľov alebo lekárov, závislých iba od štátneho rozpočtu. Faktom je, že všade vo svete vedci nepracujú prioritne s cieľom rýchleho zbohatnutia, aj keď ich finančné ohodnotenie v porovnaní s platmi vedcov u nás je neporovnateľné. Rovnako ako aj u iných skupín pracovníkov rozpočtových organizácií, aj vo vedeckej sfére všetci určite pociťujeme nedostatočné finančné ohodnotenie našej práce. Najvypuklejšie je to najmä v prípade mladých vedeckých pracovníkov, preto sa nemôžeme čudovať, že nám hrozí únik mozgov do zahraničia, čo je pre slovenskú vedu v súčasnosti jeden z najväčších problémov. Musím však povedať, že nedocenenie, ktoré sa nám od spoločnosti dostáva, je čiastočne kompenzované našou vnútornou slobodou pri objavovaní prírodných zákonitostí, ako aj tým, že práca je pre nás viac ako iba povolaním. Pre skutočného vedca je to na nezaplatenie, hoci aj na nás doliehajú finančné problémy, ktoré trápia celú spoločnosť. Značnú časť svojho času potom musíme tráviť vypisovaním grantov a neustálym hľadaním finančného zabezpečenia našich projektov.
Celý rozhovor – o rozdielnych pracovných podmienkach vedcov doma, v zahraničí a o tom, čo treba voči tomu podniknúť – si môžete prečítať v Správach SAV číslo 1/2005.
Pripravil Emil Borčin